Il Commissariato centrale era l'organo esecutivo dell'Associazione. Esso promuoveva e dirigeva l'attività generale dell'Agi, eseguiva le deliberazioni del Consiglio generale, curava il censimento dell'Associazione, nominava, in caso di vacanza di un posto di commissaria centrale, una incaricata temporanea, determinava territorialmente le regioni, nominava le commissarie regionali e coordinava l'attività dei commissariati regionali, registrava le unità e prendeva atto del loro eventuale scioglimento, curava la formazione delle capo su base nazionale e, su proposta delle commissarie regionali, ne decideva la nomina, curava la redazione delle pubblicazioni scout nazionali, gestiva l'amministrazione economico-finanziaria dell'Agi, curava i rapporti con altri enti e associazioni sul piano nazionale. Il Commissariato centrale si componeva della Capo guida, della commissaria nazionale, che lo dirige, e dalla sua vice, dalle commissarie alle branche, dalla commissaria internazionale e dall'Assistente ecclesiastico centrale. In un secondo tempo ne fanno parte anche la commissaria alla Formazione capi e due commissarie incaricate, secondo il programma stabilito dal Consiglio generale. Nella sua attività ordinaria era coadiuvato da incaricate nazionali, quali la segretaria nazionale, l'incaricata stampa, la tesoriera, l'incaricata forniture e altre eventuali. Le commissarie centrali erano elette dalle commissarie regionali riunite a consiglio, previo benestare dell'Assistente ecclesiastico centrale. L'incarico durava tre anni dalla nomina e poteva essere riconfermato per un secondo triennio.

La sezione comprende la documentazione associativa riferibile all'attività delle commissarie e degli assistenti ecclesiastici centrali, delle commissarie alle branche e delle incaricate dei diversi settori (Stampa, Sviluppo, Malgré Tout, Protezione civile, Forniture, Amministrazione, Relazioni pubbliche); inoltre la sezione conserva la documentazione relativa a statuti e norme direttive, ai verbali delle riunioni di Commissariato centrale, ai censimenti, alla Formazione capi e alle Squadriglie nazionali di specialità. Una serie a parte è dedicata agli incontri ed eventi organizzati e gestiti a livello centrale e riguardanti tutta l'Associazione.