L'archivio contiene, in primo luogo, i documenti prodotti in relazione allo svolgimento dell'attività istituzionale dell'Accademia: gli "Atti" sociali (1786-1847), le circolari ai soci (1797-1989), le delibere del Consiglio di presidenza (1969-1991); i verbali del Collegio dei revisori dei conti (1982-2001), i documenti elettorali per l'elezione degli organi istituzionali, dei soci e delle commissioni giudicatrici per l'assegnazione dei premi sociali ([1874]-1998); la corrispondenza dei presidenti, dei segretari e degli amministratori (1801-2001).
Il perseguimento dei fini istituzionali produce, nell'archivio generale, documenti riguardanti la pubblicazione e distribuzione delle "Memorie" e delle altre pubblicazioni sociali (1802-2000) e documenti riguardanti il conferimento dei premi sociali e l'attività delle commissioni giudicatrici (dal 1819). A partire dal 1974 notevole rilevanza ricopre la corrispondenza dedicata all'organizzazione di eventi diversi, alla partecipazione alle iniziative poste in essere dalla comunità scientifica e all'attuazione di collaborazioni internazionali.
L'archivio comprende inoltre una serie dedicata ai fascicoli personali dei soci, avviata intorno al 1950 circa, che contengono notizie biografiche e, in alcuni casi, corrispondenza relativa alle vicende societarie.
Un gruppo particolare di carte, infine, è costituito dai documenti raccolti nel corso delle ricerche storiche sull'Accademia, avviate dal presidente Marotta nel 1960 circa e proseguite fino ai nostri giorni. In particolare i documenti raccolti dal socio Giuseppe Penso per la redazione del volume "Scienziati italiani e unità d'Italia", cit., e donate all'Accademia, comprendono, oltre ai carteggi del fondatore della Società Anton Maria Lorgna con i soci, quelli relativi ai rapporti con i governi degli stati preunitari.
L'archivio contiene infine copia degli "Annali" e degli annuari pubblicati dall'Accademia.

L'archivio generale è organizzato nelle seguenti serie documentarie:
I. "Atti della Società italiana delle scienze", 1786-1847
II. Circolari ai soci, 1797-1989
III. Carteggio dei presidenti con i segretari e gli amministratori e i soci, 1801-post 1951
IV-X. Atti e corrispondenza, 1806-2001
XI. Elezioni degli organi istituzionali, dei soci e delle commissioni giudicatici per il conferimento dei premi sociali, [1874]-1998
XII. Fascicoli personali dei soci, 1925-2003
XIII. Documenti relativi alla pubblicazione delle "Memorie", 1802-2000
XIV. Registri e altri documenti relativi alla gestione della biblioteca, 1817-1929
XV. Ricerche storiche sull'Accademia, 1960-1985
XVI. Miscellanea, s.d.
XVII. Pubblicazioni dell'Accademia: "Annali", annuari e saggi sulla storia dell'Istituto, s.d..