All'atto della fondazione della Società italiana la contabilità è affidata, sulla base dell'art. IV dello Statuto, al segretario, che ricopre anche la carica di amministratore.
Nel 1805 viene introdotta, sempre sulla base dall'art. IV dello Statuto, la figura del vicesegretario amministratore, addetto al "maneggio economico", che inaugura, per buona parte dell'Ottocento, una gestione autonoma e separata della contabilità societaria. Il segretario amministratore non è nominato tra i soci.
Nel 1851 al vicesegretario è attribuita anche la carica di tesoriere, con l'obbligo del versamento di una cauzione.
Lo Statuto del 1867 modifica sostanzialmente le competenze attribuite alla figura dell'amministratore. L'art. XVIII stabilisce infatti che l'amministratore-tesoriere sia deputato, oltre che alla gestione contabile, anche al disbrigo degli affari più propriamente attinenti al perseguimento dei fini istituzionali e all'attività generale della Società (corrispondenza con i soci, custodia delle schede inviate per le elezioni e tenuta dell'archivio).
La gestione amministrativa risulta nuovamente definita come settore autonomo nell'ambito degli incarichi istituzionali nel 1878. L'art. XIX dello Statuto affida all'amministratore della Società, ora eletto tra i soci nazionali, l'incarico di "riscuotere le rendite della Società, custodirne i titoli ed eseguire i pagamenti [...]" e della compilazione bilancio. Spetta inoltre al socio amministratore la tenuta dell'archivio e la custodia delle suppellettili della Società. Compila infine gli "Annali".
Le attribuzioni del socio amministratore, così come definite dallo Statuto del 1878, rimarranno sostanzialmente immutate fino ai nostri giorni, eccetto che per la compilazione degli "Annali", che lo Statuto del 1948 affida nuovamente al segretario. Nel 1948 l'amministratore entra a far parte del Consiglio di presidenza.
Quanto ai criteri di gestione amministrativa, durante gli anni del fascismo si assiste all'introduzione di alcune norme specifiche cui l'amministratore deve attenersi negli investimenti dei fondi societari. A partire dal 1934 lo Statuto stabilisce, all'art. 16, che, salva diversa autorizzazione ministeriale, i capitali sociali devono essere investiti "in titoli nominativi di Stato o garantiti dallo Stato [...]" e che le somme necessarie alla gestione ordinaria devono essere depositate presso Casse di risparmio postali o, sempre previa autorizzazione ministeriale, presso altri istituti di credito. Sempre in relazione all'impiego dei fondi societari lo Statuto fa inoltre riferimento, già nel 1934, alla legislazione emanata sulla materia relativa agli enti morali (la Società è eretta in ente morale nel 1936). Lo Statuto del 1936 stabilisce inoltre che l'istituto di credito presso cui sono custoditi i capitali sociali sia addetto alla riscossione dei contributi ricevuti dall'Accademia ed effettui direttamente i pagamenti su ordine del presidente. L'amministratore provvede alle spese minute. A partire dal 1948 gli Statuti prevedono l'opportunità, per il Consiglio di presidenza, di deliberare forme di investimento diverse.
Il Regolamento del 1980 introduce, per il controllo della gestione amministrativa e delle carte contabili, il Collegio dei revisori dei conti.
Alcune note, infine, riguardano la figura dell'economo, non prevista a livello statutario ma presente in alcuni periodi della storia dell'Accademia. Nell'archivio non sono stati rinvenuti documenti che menzionano esplicitamente le competenze relative alla carica o che, più semplicemente, procedano all'affidamento ufficiale dell'incarico. L'esame delle carte ha comunque consentito di evincere che il ruolo di economo è stato svolto, sul finire dell'Ottocento e i primi anni del Novecento, dagli economi della Scuola d'applicazione per gli ingegneri di Roma, Isaia Sonzogno e Giovanni Battista Sonzogno (cfr. unn. nn. III.19, e XXVII.81). Ricopre inoltre l'incarico di economo, interno all'Accademia, Edmondo Wassermann, dal 1937 al 1965 (cfr. un. n. XIX.20).

Non sono disponibili molte notizie sulle vicende subite dalle carte contabili dell'Accademia nel corso dell'Ottocento e del Novecento.
Sicuramente il riordinamento delle carte sociali operato da Cesare Razzaboni sul finire del 1800 riguarda anche alcuni documenti contabili, quali i mandati di pagamento e i documenti giustificativi delle spese. I primi conservano con ogni probabilità ancora oggi l'organizzazione data dal Razzaboni (mandati dal 1816 al 1848). L'aggregazione relativa ai documenti giustificativi ha esteso la sua consistenza cronologica e raccoglie documenti dal 1808 al 1960.
Il riordinamento operato da Bruno Manzone nel 1960 circa organizza i documenti contabili in scatole identificate da lettere dell'alfabeto ("A" - "R", cfr. un. n. XV.1) e riguarda i bilanci, o rendiconti, sociali (1801-1843, sc. "C"; 1875-1943, sc. "L"); i "Registri di contabilità" (1801-1843, sc. "A"; 1849-1923, sc. "I"); i mandati di pagamento (1816-1825, sc. "D"; 1826-1837, sc. "E"; 1838-1848, sc. "F"; 1866-1902, sc. "N"); i documenti giustificativi delle spese (1808-1828, sc. "G"; 1829-1846, sc. "H"; 1875-1936, scc. "N"-"R"); i "Rendiconti vari di contabilità" (1813-1848, sc. "B"; 1862-1895, sc. "M"). Parte dei documenti ordinati dal Manzone è attualmente dispersa, in particolare i bilanci per gli anni 1801-1882 e i mandati di pagamento 1876-1902. E' probabile che i registri contabili degli anni 1801-1923 corrispondano ai libri di cassa.
Le carte prodotte dal 1937 circa al 1959 sembrano, come per la corrispondenza generale, accorpate a posteriori, in una data impossibile da stabilire successiva al riordinamento operato dal Manzone. La gestione dei fascicoli prevede l'utilizzazione del titolario.
I documenti contabili degli anni 1960-1993 sono stati probabilmente rinvenuti nell'ordine originale, in buste annuali contenenti la corrispondenza, i mandati di pagamento e gli ordini d'incasso e, più in generale tutti i documenti contabili dell'esercizio.

Contiene la corrispondenza degli amministratori dalla seconda metà del 1900 e documenti riferibili alla tenuta della contabilità generale dal 1800 (bilanci, registri contabili, mandati di pagamento e ordini d'incasso, documenti giustificativi, ecc.). Estremamente lacunosi risultano i registri contabili.
La corrispondenza degli amministratori per il periodo ottocentesco e la prima metà del Novecento, relativa sostanzialmente alle spese per la pubblicazione delle "Memorie" e ad altre uscite dovute alla gestione ordinaria (pensioni dei soci, rimborsi delle spese postali ai soci che inviano risposte alle circolari, spese di spedizione delle "Memorie" e degli estratti, ecc.) è contenuta nei carteggi dei presidenti e nella corrispondenza generale.
Numerosi prospetti dell'attività finanziaria della società nella prima metà dell'Ottocento sono contenuti nei fascicoli relativi ai redditi napoleonici e al recupero del Legato Lorgna (sottoserie "Carte di Antonio Lombardi e Giuseppe Bianchi").