L'Issoco fu costituito per iniziativa di Lelio Basso il 7 novembre 1969, sotto forma di associazione privata, con sede in Roma, in via della Dogana vecchia, 5. Settori di ricerca privilegiati dell'Issoco furono i rapporti internazionali, l'integrazione europea, lo sviluppo delle multinazionali, la burocrazia e l'emigrazione nei paesi europei. Nello svolgimento delle proprie ricerche, l'Issoco si articolò progressivamente in sezioni di lavoro, all'interno delle quali confluiva l'attività di ricerca e di studio. Tre erano le sezioni di attività: Sezione storica; Sezione socio-economica; Sezione America Latina. Nel 1975 l'Issoco ottenne - con la legge 23/04/1975, n. 143 - la concessione di un contributo annuo, di 50 milioni di lire, destinati alla biblioteca, che lo sottoposero alla vigilanza del Ministero per i beni culturali. Nel 1974, 1975, 1977 ottenne, in riconoscimento della qualità scientifica dei lavori di ricerca eseguiti, un premio della cultura del Servizio informazioni e proprietà letteraria artistica e scientifica della Presidenza del Consiglio dei Ministri. Nel 1973, quando fu costituita la Fondazione Lelio e Lisli Basso, l'Assemblea generale dell'Issoco stabilì la ripartizione delle attività con il nuovo organismo: la biblioteca passò sotto la gestione della Fondazione, mentre l'Issoco conservò l'attività di ricerca, affidandosi, per il proprio sostentamento, al reperimento di commesse. All'inizio del 1975 l'Issoco si staccò dalla Fondazione, gestendosi autonomamente. L'Issoco cessò le sue attività il 31 dicembre 1977 (oltre questa data alcuni ricercatori portarono a termine ricerche ancora non concluse).

L'archivio permette di ricostruire il nucleo fondamentale e più significativo della vicenda istituzionale dell'Issoco. Nonostante alcuni capitoli della sua storia non abbiano lasciato testimonianza di sé nella carte giunte a noi, il fondo mostra i percorsi progettuali, le strategie organizzative adottate nei confronti della struttura interna del lavoro e della rete di relazioni con istituzioni pubbliche e private (Ministeri, enti locali, sindacati, Rai, et al.), con istituti di cultura e di ricerca (tra tutti il Cnr, il Bit, il Ceren), con esponenti della politica e della cultura nazionale.
Il fondo contiene documentazione raccolta e prodotta per la realizzazione di studi e ricerche, in particolare su Mezzogiorno, industrie, lavoro, lavoratori italiani emigrati, sicurezza sociale, burocrazia, sindacati, capitalismo, sottosviluppo, emigrazione, urbanistica, intervento pubblico, piccole e medie imprese.
L'archivio è composto sostanzialmente da corrispondenza, da progetti, programmi e relazioni datt., da appunti e promemoria mss. e datt., nonché da opuscoli, periodici, inviti, alcuni volumi.
I documenti sono in lingua italiana, francese e inglese.

Al momento dell'ordinamento il fondo si presentava disordinato, ma sostanzialmente rispondente a criteri organizzativi: le unità archivistiche (contenenti le diverse pratiche) si trovavano quasi esclusivamente sciolte; presumibilmente, in spostamenti successivi la cessazione dell'attività, i fascicoli furono collocati senza tenere in considerazione la successione cronologica, o per argomento, che probabilmente esisteva nell'archivio corrente.
Completamente ordinate erano le competenze strettamente amministrative (contabilità, personale, ecc.).
Buona parte delle unità archivistiche della S. 02 - Corrispondenza (nucleo preponderante di tutto il fondo) presentano caratteristiche esteriori comuni: titoli scritti manualmente su etichette adesive poste su cartelline di plastica trasparente contenenti le pratiche.
Alla fine dell'ordinamento, realizzato da Simona Luciani nel corso del 2002-2003, il fondo risulta costituito da quattro serie:
Serie 01. Atti costitutivi, statuti, riunioni (1968-1978, fascc. 9), con la sottoserie:
01. Riunioni, con unità archivistiche divise in base all'organo competente.
Serie 02. Corrispondenza (1968-1980, fascc. 91), composta da quattro fascicoli originari di corrispondenza di Lelio Basso, e da tre sottoserie:
01. "Corrispondenza attività", comprendente corrispondenza, progetti, relazioni, appunti scambiati dall'Issoco con amministrazioni, istituti, università, et al. relativamente all'attività dell'istituto. La documentazione è suddivisa in fascicoli in base alla pratica, alla ricerca, al progetto cui le carte si riferiscono. I fascicoli - quasi esclusivamente originari - sono ordinati cronologicamente.
La sottoserie comprende due s.sottoserie:
"Case editrici", con corrispondenza relativa alla pubblicazione di volumi da ricerche svolte dall'Issoco;
"Finanziamenti", con corrispondenza relativa a richieste e all'ottenimento di finanziamenti pubblici e privati;
02. "Corrispondenza per anno", composta da corrispondenza ordinata per fascicoli annuali; all'interno delle unità archivistiche i documenti sono in ordine alfabetico per corrispondente - secondo una disposizione originaria;
03. "Velinario", composta da fascicoli in ordine cronologico.
Serie 03. Attività, ricerche (1970-1978, fascc. 19), composta da quattro fascicoli con relazioni, programmi, rapporti delle ricerche pubblicati e dalla sottoserie
01. "Documentazione raccolta per le ricerche".
Serie 04. Amministrazione (1967-1981, fascc. 11), con la sottoserie
01. "Ricevute, registri spese".