Nei primi anni di vita l’Istituto non ebbe una sede propria, le riunioni della giunta esecutiva e dell’assemblea plenaria si svolgevano in una sala del Ministero della pubblica istruzione, o in case private o presso l’Accademia dei Lincei. Nel 1919, pur mantenendo presso l’Accademia il deposito delle pubblicazioni e i materiali di preparazione delle stesse, l’Istituto trasferirà a Palazzo Chigi la sua rappresentanza ufficiale. Nel frattempo, per questioni di adeguamento della sede, le riunioni istituzionali si svolgevano presso la Biblioteca Casanatense, diretta da Ignazio Giorgi, che ricopriva anche la carica di segretario dell’Istituto.
Nel 1924, grazie all’intercessione di Pietro Fedele, l’Istituto ottenne in concessione dal Governatorato di Roma alcuni locali, da destinare alla propria sede, all’interno dell’Oratorio dei Filippini. A tutt’oggi la sede dell’Istituto si trova nel complesso borrominiano, che comprende anche la Chiesa di S. Maria in Vallicella, l'Oratorio dei Filippini, la Biblioteca Vallicelliana, la Società romana di storia patria e l'Archivio storico capitolino. La prima adunanza plenaria dell’Istituto si svolse nella nuova sede di Palazzo Borromini il 6 giugno 1927.