Nei primi anni di vita dell’Istituto il ruolo di segretario economo fu ricoperto da Ernesto Mancini. In questi anni la giunta esecutiva si occuperà solo della pubblicazione dei volumi e solo in un secondo momento predisporrà anche i rendiconti consuntivi e preventivi da sottoporre all'approvazione nelle assemblee generali.
A partire dal 1926 la gestione degli aspetti amministrativi viene suddivisa tra Mancini e Alberto Paolo Torri, il primo con funzioni di tesoriere e il secondo in qualità di amministratore. Nel 1929, al pensionamento di Mancini, Torri ricoprì entrambe le cariche.
Dal 1961 Wanda Cherubini ha gestito la segreteria amministrativa, sostituita in seguito da Franco Golisano e poi da Anna Maria Rosci.

Le carte relative all'amministrazione e alla gestione contabile dell'Istituto sono lacunosa fino al 1922, probabilmente a causa di una sede definitiva, che ha comportato la mancata conservazione delle scritture contabili.
I bilanci di previsione, i conti consuntivi e la documentazione relativa a contributi e finanziamenti antecedente agli anni '50 è conservata all'interno dei fascicoli della serie Sede e patrimonio. Corrispondenza generale, soltanto a partire da quella data questa tipologia documentaria è stata archiviata in serie a sé stanti.
Fino alla fine del 1958 i fascicoli relativi ai rapporti con il comune di Roma, erano compresi nelle pratiche dell'amministrazione, solo a partire dal 1959 fu istituita una nuova voce del titolario a sé stante che che comprendeva queste carte.
 

serie 1: Protocollo della corrispondenza;
serie 2: Sede e patrimonio. Corrispondenza generale;
serie 3: Registri di contabilità;
sottoserie 1: Giornale mastro;
sottoserie 2: Libro giornale;
sottoserie 3: Bilancio ordinario e gestioni speciali;
sottoserie 4: Registro dei conti delle entrate e delle uscite;
sottoserie 5: Registri degli esercizi finanziari;
sottoserie 6: Registri delle fatture;
sottoserie 7: Partitario;
sottoserie 8: Prima nota;
sottoserie 9: Registri dei mandati di pagamento e dei movimenti bancari;
serie 4: Gestione degli esercizi finanziari;
sottoserie 1: Gestione 1940-41;
sottoserie 2: Gestione 1941-42;
sottoserie 3: Gestione 1942-43;
sottoserie 4: Gestione 1943-44;
sottoserie 5: Gestione 1944-45;
sottoserie 6: Gestione 1945-46;
sottoserie 7: Gestione 1950-51;
sottoserie 8: Gestione 1953-54;
serie 5: Bilanci di previsione;
serie 6: Conti consuntivi;
serie 7: Contributi e finanziamenti;
sottoserie 1: Consiglio nazionale delle ricerche (CNR);
sottoserie 2: Regione Lazio;
serie 8: Fornitori;
serie 9: Fatture.