Il tentativo di razionalizzare la complessa gestione amministrativa e finanziaria dell'ospedale, complicata da decenni di "governo" dei commendatori di Santo Spirito sostanzialmente disinteressati alle sorti dell'istituto, da un patrimonio ulteriormente ridotto durante la dominazione francese, dalla cronica difficoltà di riscuotere i propri crediti, dall'eccessivo affollamento e dall'indeterminatezza dei ruoli del personale, ebbe tra i suoi esiti più significativi l'emanazione, nel novembre del 1848, di un "Regolamento per la nuova sistemazione della contabilità nel Manicomio di Roma" (cfr. ASMP, Sezione B, fasc. 342). Tale regolamento entrò in vigore nell'ultima fase del governo del commendatore mons. Orfei. Nel mese di dicembre 1848 a mons. Orfei successe mons. Cioja: questi resse il Santo Spirito e il manicomio anche per buona parte dell'anno successivo (nei documenti relativi al breve periodo della Repubblica romana il "cittadino Cioja" figura alla guida dei due istituti), mentre dall'autunno del 1849 la struttura del governo dell'ospedale mutò i propri caratteri con l'avvio, per il Santo Spirito e gli istituti dipendenti, della Visita apostolica presieduta dal cardinal Morichini e, poco dopo, con l'introduzione - o reintroduzione - della Commissione amministrativa degli ospedali. Pur attraverso tutte queste diverse fasi però le linee organizzative tracciate dal regolamento del 1848 non subirono mutamenti di particolare rilievo. Se ne riportano quindi le linee essenziali al fine di facilitare la lettura delle serie documentarie di seguito descritte; gli uffici della Computisteria furono affidati al "verificatore della contabilità" che ebbe alle sue dipendenze un contabile, un commesso contabile, un commesso protocollista-archivista.
Il verificatore della contabilità verificava i titoli esibiti dai creditori prima dei pagamenti, firmava i mandati, redigeva la relazione sul bilancio, esaminava e correggeva le minute della corrispondenza, interveniva nelle congregazioni, esaminava gli istrumenti, le apoche e i contratti prima della stipulazione.
Il contabile teneva il libro di scrittura generale annuale, formava il bilancio, redigeva la nota dei debitori e creditori, controllava l'operato e la documentazione degli esattori, minutava i mandati di pagamento, teneva la contabilità con l'ispettore camerale, annotava mensilmente il movimento dei dementi.
Il commesso contabile scritturava i libri della dispensa e del guardaroba con relativi inventari e bilanci, estraeva dal libro del movimento i dati utili alla statistica, riportava le partite dei depositi e pagamenti effettuati al Banco sul libro del riscontro, le risoluzioni sul libro dei congressi e le fedi dei debitori sul registro delle fedi, curava il libro dei transunti degli atti e i libri degli obblighi di messe.
Il commesso protocollista-archivista curava il protocollo corrente e relativa rubricella, la nota mensile dei dementi a carico dell'erario e il saldaconto di quelli a carico delle famiglie.