L'archivio è stato rinvenuto in stato di forte disordine e, per alcune parti, in cattivo stato di conservazione. E' stato oggetto di attività di identificazione delle serie e di ordinamento sommario nel 2010 da parte di Marzia Azzolini e Nicola Pastina per Memoria srl, con la collaborazione di Vera Fusco, nel 2011 è stato oggetto (da parte degli stessi) di operazioni di schedatura analitica e riordinamento.
Il lavoro è stato reso agevole dalla disponibilità del personale del Centro studi e ricerche Museo laboratorio della mente diretto da Pompeo Martelli.
E' stata effettuata la selezione per lo scarto dei documenti ritenuti non determinanti sia per la ricerca storica sia a fini legali. Le serie di maggiore rilievo soggette allo scarto sono: "Fogli firma del personale", "Movimento giornaliero dei ricoverati", "Scontrini e fatture in carico all'Ufficio tutele": i dati contenuti in ciascuna di esse sono presenti in altre serie conservate. Per un elenco dettagliato della documentazione scartata vedi l'allegato "Documentazione selezionata ai fini dello scarto".

L'insieme dei documenti prodotti tra il 1978 e il 1999 dal manicomio di S. Maria della Pietà (e in particolare dalla Direzione sanitaria) denuncia, secondo un processo già in atto dai decenni precedenti, una produzione e una conservazione delle carte non rigorose: sempre meno sono presenti le segnature su carte e fascicoli, sempre più vengono utilizzate fotocopie come minute e originali (tanto da rendere difficilmente identificabile l'ufficio produttore), sempre meno sono presenti i segni estrinseci identificativi delle serie. L'impostazione poco sistematica è resa evidente dai repertori dei fascicoli: le serie delle pratiche non sono formate secondo una struttura, consistono di fascicoli aperti e numerati in modo apparentemente casuale.
Tuttavia alcune serie (Ufficio movimento dei ricoverati, Ufficio assistenza, Servizio sociale, Ufficio tutele ) rivelano una struttura originale chiara: in esse è presente una parte cospicua formata di fascicoli o registri nominativi per assistito, il disordine è evidentemente accessorio e successivo la produzione delle carte.
La serie delle Cartelle cliniche è di gran lunga la più consistente (bb. 520 per un totale di circa 90 metri lineari), di questa non è stata effettuata la schedatura analitica, né è stato effettuato il conteggio dei singoli fascicoli, pertanto è stata inclusa in questo inventario attraverso una descrizione sommaria.
Le carte dell'Economato sono piuttosto esigue: sia perché lacunose, sia perché vi è negli ultimi vent'anni di vita del manicomio una forte riduzione delle funzioni dell'Economato rispetto al passato.