L'archivio dal 1978 fino alla chiusura sembra così organizzato:
nel periodo 1974-1981, successivamente alla divisione in Ospedale I e II, sono presenti due archivi di direzione, facenti capo ciascuno a un ospedale. In questo periodo la corrispondenza generale è sempre firmata insieme dai due direttori (Ferdinando Pariante e Antonino Jaria).
Nel 1977 venne introdotto un nuovo titolario (cfr. serie carteggio classificato) con numerazione progressiva dei fascicoli. Dopo il 1981, anno della riunificazione dell'Ospedale I e II, la direzione di Antonino Jaria procedette al recupero e all'acquisizione dell'archivio dell'ospedale II. In quell'occasione ai fascicoli vennero tolte le coperte originali e i documenti relativi ad affari ancora in corso furono immessi nell'archivio corrente.

E' questo il nucleo documentario di gran lunga più cospicuo di tutto l'archivio, ma anche quello meno ordinato all'origine. Esso è composto in gran parte dagli atti e dalla corrispondenza prodotti dai direttori sanitari soprattutto nella fase di deospitalizzazione del S. Maria della Pietà. Infatti, oltre alla gestione ordinaria, le pratiche trattano in misura crescente l'attuazione della riforma psichiatrica ed evidenziano i profondi mutamenti che questa ha determinato in tutti gli aspetti della vita dell'ospedale.