Fondata da Umberto Zanotti-Bianco e Paolo Orsi nel 1920. Iniziò la sua opera sotto la guida dello stesso Paolo Orsi e di Quintino Quagliati. Nel 1931 venne istituita la Sezione Bizantina medioevale della Società che provvide al restauro di alcuni importanti monumenti nelle Puglie e in Sicilia, e alla realizzazione di una campagna fotografica per il rilievo di tutte le cripte eremitiche pugliesi. Nel 1934, dopo la scoperta dell'Heraion del Sele, il governo fascista sciolse l'organo direttivo della Società Magna Grecia "per non aver seguìto le direttive del regime". Essa si ricostituì subito a Milano con il nome di Paolo Orsi, cosicchè lo scavo alle foci del Sele potè proseguire fino all'interruzione, nel 1940, a causa della guerra mondiale.
Nel 1949 l'attività della società riprese sotto l'originaria denominazione di Società Magna Grecia.
Tra gli scavi condotti: Hipponion nel 1921, Sibari (1928-1932), Metaponto (1925-1927), Velia (1927), Marina di Nicotera (1927), Himera (1929-1930), Leontini (1930), Agrigento (1930-1931), Sant'Angelo Muxaro (1931-1932), l'Heraion del Sele (1934-1958?), Metauro (1959).
Nel 1927 venne iniziata la pubblicazione della rivista Atti e Memorie della Società Magna Grecia.