Nel marzo del 1919, durante un'adunanza plenaria dell'Istituto storico italiano, Oreste Tommasini, riprendeva la proposta, accennata in altre circostanze, di attivare una Scuola storica presso l'Istituto. Vittorio Fiorini, delegato della Deputazione romagnola e funzionario del Ministero della pubblica istruzione, in quell'occasione propose di costituire una Scuola usufruendo dei comandi di insegnanti della scuola secondaria, mentre Pietro Fedele, propose un abbozzo della futura Scuola storica, che avrebbe dovuto promuovere le ricerche relative alla storia d'Italia presso l'Archivio Segreto Vaticano, con tre allievi retribuiti con borse di studio, alle quali potevano concorrere insegnanti.
Con Regio decreto n. 3011 del 31 dicembre 1923 venne quindi istituita, annessa all'Istituto, la Scuola storica nazionale. La selezione degli alunni fu affidata a una commissione composta da Pietro Fedele, Pietro Egidi e Luigi Schiaparelli. I vincitori del primo concorso furono Ottorino Bertolini, Alfonso Gallo e Raffaello Morghen.
Dopo il riordinamento normativo del 1927, il numero degli alunni da tre veniva portato a cinque, poiché oltre ai tre insegnanti potevano essere comandati un funzionario proveniente dalle biblioteche pubbliche governative o dagli archivi di Stato, e uno dall'amministrazione centrale dello Stato.
Fin da subito gli alunni della Scuola storica ricoprirono una funzione di primo piano nella vita dell'Istituto e Pietro Fedele contribuì ad evidenziare il loro ruolo pubblicando nel «Bullettino» le relazioni dei lavori che andavano conducendo durante l'alunnato.
Nel 1934, a seguito della nascita della Giunta centrale per gli studi storici, degli istituti storici nazionali e al cambio di denominazione dell'Istituto storico italiano in Istituto storico italiano per il medio evo, la Scuola storica nazionale assunse la denominazione di Scuola nazionale di studi medioevali (Regio decreto n. 1226 del 20 luglio 1934, art. 3). Con il D.M. del 10 novembre 1936 art. 1, ricevette un nuovo regolamento e venne posta alle dirette dipendenze del presidente dell'Istituto storico italiano per il medio evo.
Alla scomparsa di Pietro Fedele, nel 1943, divenne presidente dell'Istituto Carlo Calisse, che mantenne la carica fino al 1945, in questo periodo le attività della scuola furono rallentate dagli eventi bellici. Dopo la guerra l'attività della Scuola storica riprese dapprima con Gaetano De Sanctis, commissario straordinario già dal 1944, e poi con Raffaello Morghen, direttore della scuola dal 1947 e presidente dell'Istituto dal 1951. Con Morghen la scuola ebbe un nuovo impulso accogliendo nelle sue file accogliendo nelle sue file sia medievisti formatisi in diverse sedi italiane, sia filologi, giuristi e storici della filosofia. I membri della Scuola storica furono ampiamente coinvolti anche nel progetto editoriale del Repertorium fontium historiae medii aevi e nell'elaborazione delle voci affidate al Comitato italiano.

Le scritture della storia. Pagine offerte dalla Scuola nazionale di studi medievali a Massimo Miglio, cur. F. DELLE DONNE - G. PESIRI, Roma 2012, (Quaderni della Scuola Nazionale di Studi Medievali, 1), pp. 1-34; La Scuola storica nazionale e la medievistica. Momenti e figure del Novecento. Per i 90 anni della Scuola storica nazionale di studi medievali. Atti della giornata di studio, cur. I. LORI SANFILIPPO - M. MIGLIO, Roma 2015, Nuovi studi storici, 96; M. MIGLIO, Pietro Fedele presidente dell'Istituto storico italiano, in La figura di Pietro Fedele. Intellettuale, storico, politico, Atti del Convegno nazionale di Studi Storici (Minturno, 29 settembre 2012), cur. C. FROVA, Roma 2016, (Quaderni della Scuola Nazionale di Studi Medievali, 8), pp. 19-40: 20-21.