Il carteggio si presenta diviso in cinque sezioni:
1) 1899-1924 Fascicoli annuali di corrispondenza non classificata, Dossier
2) 1924-1955 Corrispondenza classificata sulla base del titolario A, Fascicoli per affare
3) 1956-1978 Corrispondenza classificata sulla base del titolario B
4) 1979-1990 Fascicoli per materia, Fascicoli annuali
5) 1991-2006 Corrispondenza classificata sulla base del titolario C
La sezione 1) è strutturata con criterio miscellaneo per anno, all'interno di ogni anno sono separate le veline delle lettere in partenza e gli originali di quelle in arrivo. L'originario criterio di archiviazione è andato perduto a causa del maldestro intervento di cui si è scritto nell'introduzione generale. Per gli anni 1918-1924 è presente un terzo sottofascicolo intitolato "corrispondenza Mangili", reso necessario dal fatto che alcune lettere venivano protocollate su un registro a parte, denominato appunto "Mangili" dal nome della segretaria della Scuola e poi dell'Opera. Tale protocollazione parallela duro fino al 1943: i relativi fascicoli 1925-43 si trovano nella sezione 2.
E' stato invece possibile ricostruire per intero, dalle segnature sulle carte e dalle copertine dei vecchi fascicoli scampati alla distruzione, i due titolari della corrispondenza in vigore rispettivamente dal 1924 al 1955 e dal 1956 al 1978. Tali sezioni sono quelle ai numeri 2 e 3. L'inventariazione delle due sezioni è però diversa perché, mentre il titolario 1924-55 subì nel corso del tempo diversi aggiustamenti interni, quello 1956-78 rimase pressoché invariato per oltre un ventennio. Pertanto la sezione 1924-55 è stata organizzata per anno, all'interno del quale viene data la specifica dei singoli fascicoli corrispondenti ad ogni segnatura con la relativa materia; mentre la sezione 1956-78 è stata organizzata per categoria e classi, secondo il tradizionale ordinamento degli archivi a titolari: in quest'ultimo caso ogni fascicolo raccoglie tutte le carte prodotte in un c