L'archivio è stato ordinato e inventariato in due fasi.
Il primo intervento è stato realizzato nel 1991 da Emanuela Mazzina, Leonardo Musci e Piero Santoni (soci della Cooperativa di servizi archivistici Memoria) ed è consistito nel trattamento di tutte le carte "storiche" dell'Ente, allora attivo. Nel corso degli anni successivi l'archivio è andato crescendo in modo sufficientemente ordinato. Con l'esaurirsi dell'attività l'archivio è stato donato nel 2013 dall'Opera alla ASL Roma E ed è entrato a far parte del patrimonio archivistico del Museo Laboratorio della mente che nel 2014 ha promosso l'aggiornamento e la revisione dell'inventario, realizzati da Memoria srl (Nicola Pastina con l'assistenza di Leonardo Musci).

Il corpus di questo inventario riguarda la Scuola magistrale ortofrenica (SMO) e l'Opera che a partire dal 1924 l'ha gestita (OSMO); si è scelto di non separare pedissequamente le carte dell'uno e dell'altro ente per il carattere di stretta interdipendenza che esse hanno.
Alcune serie archivistiche sono "aperte" (cioè con numerazione che parte da 1 quando cambia la serie), mentre altre sono "chiuse" (con numerazione continua al di là delle cesure archivistiche). Ciò è dovuto alle tipologie documentarie e al criterio di archiviazione in uso al tempo di produzione delle carte. Ad esempio, all'interno della serie Contabilità la numerazione riparte da 1 ogni volta che cambia il tipo di registro (preventivi, consuntivi, mastri, ecc.) perché a più riprese questo archivio da un lato è stato integrato con gli omologhi documenti che nel corso del tempo sono stati prodotti, dall'altro ha subito lo scarto di alcuni documenti i cui dati sono comunque presenti in forma sintetica nei registri. Lo stesso criterio di numerazione aperta è stato utilizzato per le unità archivistiche delle serie Corsi di formazione e Classi differenziali, dove vi sono stati apporti documentari significativi. Al contrario, nella serie Corrispondenza, la numerazione è progressiva all'interno di ogni sezione in cui à articolato il carteggio indipendentemente dalle categorie e classi in cui esse sono organizzate: questo si spiega col fatto che non sono stati più prodotti né versati documenti da archiviare in quelle sezioni. È stata recentemente inventariata la sezione della corrispondenza prodotta tra il 1991 e il 2006 (Titolario C), anch'essa utilizzando una numerazione aperta.
Di particolare interesse, tra i materiali inventariati nell'intervento del 2014, sono quelli prodotti e utilizzati da Maria Teresa Rovigatti. Nella serie Classi differenziali, sono stati collocati i due nuclei documentari Documenti socio-sanitari e didattici e Materiali didattici: il primo raccoglie materiali socio-sanitari relativi a diversi alunni delle classi, il secondo è costituito soprattutto di giochi e materiali didattici creati e messi a punto dalla Rovigatti stessa.
L'inventario presenta alcune sezioni separate relative a enti o istituzioni che hanno avuto a che fare con la storia dell'Opera pur avendo avuto vita istituzionale propria. In testa all'inventario sono state collocate le piccole ma molto significative sezioni dedicate all'Istituto medico pedagogico e alla Lega nazionale per la protezione dei fanciulli deficienti (vera e propria madre della Scuola magistrale ortofrenica). Nell'archivio di quest'ultima, oltre ai registri, è presente corrispondenza organizzata con criterio miscellaneo per anno, non essendo emerso dalle carte un sistema di archiviazione più raffinato. Purtroppo un precedente intervento di riordinamento, risalente all'incirca all'inizio degli anni Sessanta, ha prodotto guasti notevoli per la ricostruzione del sistema originario, guasti dovuti agli scorretti interventi sulle lettere e sui protocolli (segnature ex post, scrittura artificiale di protocollazioni, ecc.). Segnaliamo per questa sezione le carte relative ai primi soci e sostenitori della Lega.
Tra i gli archivi aggregati, ordinate e descritte nei lavori del 2014, sono di particolare rilievo le carte personali di Giuseppe Ferruccio Montesano, che erano pervenute all'OSMO nel corso degli anni Novanta del secolo scorso. Tra queste, oltre testi e trascrizioni delle sue lezioni, vi è anche un nucleo di corrispondenza relativo all'attività di consigliere provinciale in Basilicata prima della Grande guerra e di consigliere comunale e assessore a Roma tra 1920 e 1923.