La serie comprende le minute delle lettere del medico direttore e alcuni atti di sua competenza. E' andato perduto il carteggio della direzione Gualandi, con l'unica eccezione di un prospetto statistico relativo agli anni 1852-53 che riporta la sua firma.
La documentazione superstite riguarda invece la direzione di Benedetto Viale Prelà, dal 1861 al ed è costituita dalla corrispondenza con la segreteria della Commissione amministrativa degli ospedali, con il Visitatore apostolico, con la Direzione generale di polizia, la Cancelleria delle carceri e con i familiari dei ricoverati. Si conservano inoltre atti dispositivi emanati dalla Direzione medica relativi ai turni del personale, al vitto, alla farmacia e osservazioni riguardo alcuni ricoverati (perizie, pareri sulle dimissioni ecc.). Si segnalano infine molte ordinanze del Visitatore apostolico.
Tutti i documenti sono originariamente numerati in ordine cronologico progressivo. Costituisce uno strumento utile per orientarsi nella ricerca il registro n. 11 (Rubricella delle posizioni del protocollo della Direzione sanitaria) relativo agli anni 1861-1870, che riporta il numero e l'oggetto del documento, e fornisce quindi indicazioni anche relativamente alle lettere andate perdute. E' stata rinvenuta inoltre, contenuta in un incarto originario, documentazione varia, a stampa e manoscritta, relativa a spettacoli tenuti da pazienti ricoverati nel manicomio di Santa Maria della Pietà e in altri istituti italiani.
Si è inventariata inoltre in questa sezione documentazione di carattere particolare, costituita da lettere di medici-scrittori che inviarono a Pio IX loro opere a stampa: i libri, con le lettere che li accompagnavano, furono in seguito donati dal pontefice alla Biblioteca dell'ospedale. Molte delle opere donate si trovano tuttora nella Biblioteca Cencelli. Per quanto riguarda invece le lettere si è ritenuto opportuno, data la loro particolare natura, descriverle analiticamente.