Per quanto riguarda l'archivio nel suo complesso, gran parte della documentazione è stata soggetta a ripetute operazioni di selezione e risulta lacunosa. Costituiscono comunque complessi documentari omogenei, l'insieme delle pratiche generali, i registri del protocollo, i registri delle aziende, della dispensa, del magazzino, i bollettari delle vendite dei prodotti dell'Ospedale e la gestione dei depositi dei ricoverati. Risulta invece particolarmente frammentaria la documentazione relativa alla contabilità generale e alle forniture. Nonostante le lacune, le carte degli anni 1907-1924 costituiscono uno strumento importante per ricostruire la vita e le attività dell'Ospedale. Il manicomio di via della Lungara, benché in corso di dismissione per undici anni (dal 1913 a febbraio 1924), continua a essere un microcosmo; certamente non è la piccola città che diverrà Sant'Onofrio, ma è comunque, fino alla chiusura, un istituto strutturato e affollato.
Una notazione particolare riguarda la gestione del servizio depositi dei ricoverati. Come meglio specificato altrove (ASMP, Sezione D, Serie VII. Servizio depositi dei ricoverati), l'organizzazione complessiva del servizio, che riguardava tre aspetti diversi e cioè la gestione dei conti correnti, il deposito di oggetti di valore e il vestiario, subì numerosi mutamenti negli anni a cavallo tra '800 e '900. La gestione relativa ai conti correnti dei ricoverati restò sempre affidata all'Economato, come la gestione del vestiario dei malati fu sempre prerogativa delle suore che prestavano servizio all'interno dell'Ospedale. Il servizio della custodia degli oggetti fu invece affidato, a partire dal 1893, per un brevissimo tempo all'Economato stesso, per passare poi alla gestione dell'esattore e infine, in via definitiva, a quella delle suore. I registri generali dei depositi, che costituiscono un'unica serie e furono nel loro complesso utilizzati fino alla chiusura dell'Ospedale alla Lungara, come anche quelli della fagotteria, pur essendo formalmente documentazione prodotta dalle suore, operanti alle dipendenze della Direzione medica, sono stati inventariati all'interno della documentazione prodotta dall'Economato al fine di rendere una visione complessiva del servizio "depositi di pertinenza dei ricoverati". Seppur affidato nei suoi diversi aspetti alla gestione di differenti uffici, il servizio era infatti considerato, dagli amministratori del Manicomio, come espressione di un'unica funzione regolamentata nel suo complesso.