Il problema dell'assistenza e della cura per coloro che erano affetti da encefalite epidemica cronica a forma parkinsoniana (Parkinson encefalitico) suscitò l'interessamento da parte della regina Elena tanto che su sua iniziativa il 4 maggio 1934 fu creato presso il Policlinico Umberto I un reparto per la cura di questa malattia e Giuseppe Panegrossi, primario del Policlinico e direttore del nuovo reparto, fu incaricato di sperimentare una nuova terapia denominata "cura bulgara", dall'erborista bulgaro, Ivan Raeff. La terapia si basava sulla somminnistrazione dell'estratto idro-alcoolico di radici di belladonna. L'importanza dell'interessamento da parte della regina Elena nei confronti di questa malattia emerge anche dalle numerose richieste di ricovero che le venivano inviate da singoli pazienti, dalla sua corrispondenza con Giuseppe Panegrossi riguardo i risultati della terapia sui pazienti, dal suo recarsi periodicamente in visita presso il reparto del Policlinico (e successivamente presso la sede di Monteverde), dalla sua partecipazione a convegni sull'encefalite e dall'apertura di altri centri di cura anche all'estero, come la Clinica regina Elena di Kassel in Germania.
Successivamente alla creazione del reparto regina Elena presso il Policlinico Umberto I - per la storia istituzionale e archivistica, e per la descrizione dell'archivio del reparto regina Elena vedi lo Inventario dell'archivio del Reparto regina Elena del Policlinico Umberto I di Roma (1935-1938) a cura di Vera Fusco - sorsero altri centri di studio e di cura in varie regioni d'Italia ma l'attività scientifica del reparto del Policlinico era fondamentale poiché solo presso il proprio laboratorio chimico avveniva la preparazione dell'estratto di radice di belladonna che veniva poi distribuito, ad opera della ditta Molteni, agli altri ospedali italiani ed anche ad alcuni ospedali esteri. La terapia con estratto di radici di bella donna per essere efficace doveva essere integrata da una dieta vegetariana, dal massaggio fisioterapico, dalla ginnastica, dalla correzione degli atteggiamenti viziosi eventualmente assunti dai pazienti a causa della malattia e dalla psicoterapia.
In breve tempo il numero degli encefaliti che facevano richiesta di ricovero presso il reparto regina Elena aumentò tanto che fu necessario un trasferimento di sede: il 20 aprile 1937 il Rettorato provinciale deliberava la creazione dell'Istituto provinciale per encefalitici regina Elena presso la nuova sede di Monteverde, in via di Villa Pamphili n. 88, che avrebbe potuto accogliere 160 pazienti.
L'11 novembre 1937 fu inagurato il nuovo Istituto e immediatamente furono trasferiti dal Reparto regina Elena 81 pazienti. Giuseppe Panegrossi continuò ad essere il direttore e fu affiancato da un aiuto-direttore, Ivo Ruggeri, da quattro assistenti e da un gruppo di infermiere diplomate.
L'Istituto era stato corredato di una biblioteca, di un gabinetto fisiopatologico, di un gabinetto antropometrico e radiologico, di un laboratorio di chimica clinica e istopatologia, di un laboratorio fotografico e cinematografico con lo scopo, questi ultimi due, di poter registrare e documentare per ciascun degente gli effetti delle cure dal giorno del loro ingresso in Istituto fino alla dimissione.
Poiché la cura bulgara, per raggiungere risultati efficaci, necessitava di essere integrata da un particolare tipo di dieta, dalla ginnastica e dalla rieducazione dei movimenti, tali mansioni furono affidate a degli esperti. Inoltre venne dato un notevole impulso all'ergoterapia attraverso vari laboratori (lavori in vimini, pantofoleria, scatolificio, cucito) e lavori agricoli e di giardinaggio in un terreno attiguo all'Istituto.
Il 21 gennaio 1939, con un decreto del Ministero dell'interno, all'Istituto fu riconosciuto carattere scientifico.
Alla fine del 1939, a causa dello scoppio della guerra, la vita scientifica dell'Istituto subì un rallentamento ma nonostante questo fu caratterizzata da un'intensa attività documentata da numerose pubblicazioni, artecipazioni a congressi internazionali e relazioni culturali con numerose istituzioni scientifiche italiane e straniere. Inoltre nel 1939 Giuseppe Panegrossi ricevette "il premio internazionale dell'Università di Berna per gli studi sull'encefalite".
Tra il 1941 e 1942 alcuni dei degenti dell'Istituto, dichiarati cronici, vennero trasferiti presso il cronicario di Ceccano e invece presso l'Istituto stesso diminuirono i ricoveri.
Nel 1946, a seguito della deliberazione del 14 dicembre 1945 della Deputazione provinciale di Roma, si decise di trasferire l'Istituto, che comunque avrebbe mantenuto il suo carattere autonomo e scientifico, presso uno dei padiglioni dell'Ospedale Santa Maria della Pietà mentre la sede di Villa Pamphili sarebbe stata destinata al brefotrofio. Nello stesso tempo all'Istituto venne cambiato il nome in Istituto neurologico provinciale di Roma.
Il trasferimento avvenne il 24 giugno 1946 e si decise di destinare agli encefalitici il II padiglione dell'Ospedale Santa Maria della Pietà prevedendo un ingresso separato e una recinzione che isolasse l'Istituto dal resto del manicomio. Fu nominato direttore Francesco Bonfiglio (che ricopriva già tale carica per l'Ospedale Santa Maria della Pietà) mentre Ivo Ruggeri fu confermato aiuto-direttore.
Presso la nuova sede l'Istituo continuò la sua attività e infatti nel 1953 ne venne arricchita la dotazione scientifica e bibliografica e fu dato inizio a nuove ricerche in campo istologico allo scopo di chiarire i meccanismi patologici della malattia.
Nel corso degli anni sessanta e settanta i ricoveri presso l'Istituto diminuiscono notevolmente anche perché in altre regioni italiane erano stati aperti numerosi centri di cura per l'encefalite.
Con la deliberazione del 18 gennaio 1985 n. 55, l'Unità sanitaria locale RM/19 decise di chiudere l'Istituto e di trasferire gli ultimi sei pazienti ricoverati nel padiglione XXI (area geriatrica) dell'Ospedale SantaMaria della Pietà.
Il 30 marzo 1993, a seguito del decesso dell'ultimo degente, l'Istituto cessa la propria attività.

L'archivio, a seguito di numerosi trasferimenti di sede, si è conservato in maniera disordinata e risulta lacunoso; sulle carte non sono presenti seganture originarie, molti dei fascicoli hanno una formazione miscellanea. Nonostante l'assenza di vincolo e di un sistema di classificazione si è cercato di ricostruire l'ordine originario.
Da un punto di vista contenutistico le carte presentano notizie importanti per la storia della medicina.
Lo scarto è stato effettuato su documenti ritenuti non determinanti sia per la ricerca storica sia a fini legali:
Ufficio produttore: Direzione; serie: bollettari delle richieste di visite specialistiche e di esami diagnostici; date: 1975-1987; consistenza: 6 bollettari.
Ufficio produttore: Economato; serie: bollettari di richieste di specialità medicinali e di materiale sanitario alla farmacia; date: 1980-1987; consistenza: 25 bollettari.
Ufficio produttore: Economato; serie: bollettari di: occorrenze di servizio, richieste di piccole manutenzioni, piccole forniture; date: 1947-1948, 1975-1986; consistenza: 14 bollettari.
Lo svolgimento del lavoro è stato reso particolarmente agevole dalla disponibilità di tutto il personale del Centro studi e Ricerche Asl Roma E e del responsabile dott. Pompeo Martelli.
Il riordinamento e la sche datura del fondo è stato svolto per Memoria srl da Vera Fusco con il coordinamento di Nicola Pastina e con la collaborazione di Marzia Azzolini.