Il Comitato centrale è l'organo esecutivo collegiale dell'Associazione ed è presieduto da un presidente e da una presidente. La sua composizione è mutata nel tempo. Lo statuto del 1974 definiva un Comitato centrale composto da tredici membri laici e da cinque assistenti ecclesiastici; a partire dal 1990 è composto da nove membri: un presidente e una presidente, l'assistente ecclesiastico generale, i responsabili e l'assistente ecclesiastico alla formazione capi, i responsabili al metodo e agli interventi educativi, un/una responsabile all'organizzazione. Fino alla riforma del 1990 il Comitato centrale si riuniva tre volte l'anno in una sessione doppia, alla quale partecipavano, il secondo giorno, i responsabili regionali. Questa funzione di raccordo viene svolta a partire da quella data dal Consiglio nazionale. Dal 2005 l'organo ha assunto la denominazione Comitato nazionale, ed è tornato ad incontrare, almeno tre volte l'anno, gli incaricati nazionali e gli assistenti ecclesiastici di branche e settori.

La divisione in sottoserie rispecchia le funzioni svolte dal Comitato centrale e dai suoi presidenti. Alla cura dei rapporti con altre associazioni educative e con organismi civili ed ecclesiali, che è compito precipuo dei presidenti da svolgere in sintonia con gli altri membri del Comitato centrale, sono dedicate serie specifiche, intitolate alle strutture o agli organismi controparte. Alcune di queste sottoserie sono a loro volta articolate in ulteriori sotto partizioni per dar conto della varietà dei rapporti intrattenuti e rispecchiando una suddivisione leggibile nella modalità di conservazione delle carte, almeno per alcuni anni. I fascicoli tematici e quelli intitolati a singoli eventi e iniziative sono confluiti nelle sottoserie 4 Studi e documenti a tema, 11 Eventi e iniziative associative nazionali e 12 Iniziative in ambito internazionale.