Dopo aver svolto l'assistentato ordinario di Islamistica, nel 1955 Maria Nallino viene nominata professore incaricato della stessa materia e inizia a esercitare l'insegnamento sia per la Facoltà di lettere e filosofia sia per le Scuole di perfezionamento. Di questo periodo si conservano gli incarichi di insegnamento per gli anni accademici dal 1959 al 1963 presso la Facoltà di lettere e filosofia e per gli anni accademici 1960-1961 e 1962-1963 presso le Scuole di perfezionamento in storia medioevale e moderna, in studi storico religiosi, in archeologia orientale e presso la Scuola orientale. Come riconoscimento per l'attività svolta le viene conferito un premio di operosità scientifica per l'anno 1959-1960.
Questa fase termina nel 1962 con l'inizio della docenza presso l'Università di Venezia. Appartengono a questo fascicolo il decreto di cessazione dell'insegnamento e un carteggio con il preside della Facoltà di lettere e filosofia dell'Università degli Studi di Roma in merito alla questione dell'erroneo conferimento dell'insegnamento di islamistica per l'anno 1963-1964 nonostante la rinuncia formale presentata a seguito della nomina a professore straordinario a Venezia.