Se per la maggior parte della documentazione non è possibile determinare con certezza tempi e modalità di sedimentazione, per alcuni nuclei sono state avanzate delle ipotesi. Pare plausibile, infatti, che le carte relative alla seconda spedizione Bottego, ai viaggi di Giacomo Bove e al catalogo delle opere geografiche custodite dalle biblioteche per il Congresso di Parigi, facessero originariamente parte del Fondo Storico; estrapolate probabilmente ai fini di studio e consultazione, non furono più reintegrate al corpus originario. La collezione degli autografi di esploratori e studiosi, costituitasi probabilmente intorno alla fine del XIX secolo per essere esposta nel Museo, proveniva originariamente dai fondi archivistici societari; tuttavia, se pur ipotizzata, l’operazione di ricollocazione non fu realizzata. Stessa sorte toccò ad altri documenti esposti nelle sale del Palazzetto.
Un primo ordinamento fisico delle carte è stata realizzato nel 1992 da Simonetta Cervelli e Miriana di Angelo Antonio con il coordinamento di Claudio Cerreti. In quell'occasione gran parte della documentazione è stata articolata per tematica e ricondizionata: tutte le carte sono state numerate con timbro rosso dell'Archivio sociale e riorganizzate in fascicoli (la cui numerazione non segue un criterio uniforme), per un totale di 33 buste.
Nel 2019 è stato avviato un intervento di revisione e integrazione del primo inventario sommario al fine di procedere all'informatizzazione dello stesso. In questa sede, ai fini di una ricerca più agevole e sulla base dei contenuti, il fondo è stato articolato virtualmente in 5 serie, mentre è stato mantenuto - laddove possibile -  l'ordinamento fisico precedente.

L’Appendice al Fondo Storico è costituita da un corpus eterogeneo, frutto dell’aggregazione di vari nuclei documentari giunti per donazione o rinvenuti nel Museo e nella Biblioteca della Società.
Trovano collocazione in questo fondo: manoscritti di libri editi dalla Società; memorie e testi (in parte pubblicati) su svariati argomenti di interesse geografico; una raccolta di autografi di personaggi legati al Sodalizio; taccuini di viaggio, corrispondenza, relazioni e disegni relativi a viaggi ed esplorazioni.