La documentazione del Fondo Amministrativo è disposta per serie annuali in ordine cronologico (1867-1954), per un totale di 152 buste riordinate e inventariate, pertanto accessibili alla consultazione.
Le carte e l’organizzazione dei fascicoli dal 1867 fino al 1896 rispecchiano il lavoro societario incentrato per i primi anni sulla figura del presidente e dei suoi collaboratori. Si tratta prevalentemente di corrispondenza, sulla quale non è presente alcuna segnatura originale, ordinata cronologicamente e divisa nei fascicoli per semestre o trimestre.
A partire dal 1897 fino agli anni Trenta del secolo successivo sulle carte sono indicate XIII categorie e serie alfabetiche (A-L), corrispondenti probabilmente ad un titolario di classificazione non pervenuto. Le categorie non corrispondono sempre ad argomenti trattati in modo ben definito, né sono presenti sistematicamente in ogni anno, ma è possibile individuare per ognuna di esse alcune aree tematiche ricorrenti:
    I, II e III: organi statutari, nomine sociali, elezioni del presidente, dei consiglieri e di altre cariche;
    IV e V: documentazione amministrativa, richieste di contributi e sussidi;
    VI, VII e IX: sovvenzioni, spedizioni ed esplorazioni;
    VIII: conferenze, mostre e congressi;
    X e XI: pubblicazioni sociali e biblioteca SGI;
    XII: onoranze e onorificenze;
    XIII: miscellanea.
A partire dagli anni '30 viene ridefinita la classificazione e cambiano parzialmente gli argomenti afferenti alle categorie. In occasione del riordinamento realizzato all’inizio degli anni ’90 si è tenuto conto della classificazione originale, pertanto l’articolazione in fascicoli segue le categorie sopra descritte.

Il Fondo è virtualmente articolato in più subfondi, riconducibili alle presidenze succedutesi dalla fondazione della Società fino al 1955:
Subfondo: 1. Presidenza Cristoforo Negri, 1867-1872
Subfondo: 2. Presidenza Cesare Correnti, 1873-1879
Subfondo: 3. Presidenza Onorato Caetani di Sermoneta, 1879-1887
Subfondo: 4. Presidenza Francesco Nobili Vitelleschi, 1887-1891
Subfondo: 5. Presidenza Giacomo Doria, 1891-1900
Subfondo: 6. Presidenza Giuseppe Dalla Vedova, 1900-1906
Subfondo: 7. Presidenza Antonino di San Giuliano, 1906
Subfondo: 8. Presidenza Raffaele Cappelli, 1907-1915
Subfondo: 9. Presidenza Scipione Borghese, 1916-1921
Subfondo: 10. Presidenza Paolo Thaon di Revel, 1921-1923
Subfondo: 11. Presidenza Luigi Federzoni, 1923-1926
Subfondo: 12. Presidenza Pietro Lanza di Scalea, 1926-1928
Subfondo: 13. Presidenza Nicola Vacchelli, 1928-1932
Subfondo: 14. Presidenza Corrado Zoli, 1933-1944
Subfondo: 15. Commissari straordinari Roberto Almagià e Orazio Toraldo di Francia, 1944-1946
Subfondo: 16. Presidenza Orazio Toraldo di Francia, 1946-1955