Il fondo è stato riordinato dopo la donazione nel 1998, l'inventario completato nel 1999. Alcuni documenti sono stati poi rinvenuti successivamente e consegnati all'ANIMI, si è provveduto alla loro inventariazione e provvisoriamente collocati in appendice alla serie in cui avrebbero dovuto essere inseriti. Nel 2006, a seguito di un progetto più vasto cofinanziato dalla Cariplo, che prevedeva l'inventariazione informatica del fondo, questi ultimi documenti sono stati reintegrati nelle loro serie.

Attività documentate: direzione dell'Ufficio regionale Animi per l'Opera contro l'analfabetismo (1921-1928), consulenza tecnica per l'attività scolastica dell'Animi (1951-1965); direzione dell'Archivio storico per la Calabria e la Lucania (1951-1965); ben documentati anche i suoi studi di geografia.
Il fondo è costituito principalmente da corrispondenza, disegni, fotografie, diari, manoscritti e appunti. Si segnala la presenza di un notevole numero di minute di lettere di Giuseppe Isnardi, cosa non usuale nei fondi personali privati.
I disegni sono a matita e carboncino, schizzi, chiaroscuri o sanguigne, ma anche disegni a china come alcune caricature e vignette prodotte tra 1905 e 1908; tra i disegni conservati anche alcuni pastelli di bambini delle scuole e asili dell'Animi. Nella serie sono conservati anche 2 dipinti a olio del 1939.
Le fotografie riguardano soprattutto la Calabria e la Basilicata, paesaggi naturali e urbani, costumi, asili, scuole e colonie; molte di esse sono conservate in copia o in originale anche nella serie fotografica dell'archivio storico dell'Animi. Da notare un insieme di fotografie relative alle case rurali in Calabria e Basilicata; esse dovevano essere oggetto di uno studio intrapreso da Isnardi e interrotto dalla sua scomparsa.
La documentazione successiva al 1965, anno di morte di Isnardi, è limitata a condoglianze e scritti in memoria.

La documentazione è ordinata in 6 serie e un sottofondo intitolato all'Animi.
Le serie sono le seguenti:
Corrispondenza, Diari, Disegni, Fotografie, Manoscritti e appunti, Miscellanea.
Le unità archivistiche all'interno delle serie sono in alcuni casi articolate in sottoserie.
I disegni erano abbastanza ordinati, spesso datati e raccolti in cartelline o incollati su cartoncini con brevissime didascalie e sono stati posti in ordine cronologico;
Il sottofondo intitolato all'Associazione nazionale per gli interessi del Mezzogiorno d'Italia è costituito da carte prodotte o acquisite da Giuseppe Isnardi nell'ambito della sua opera di consulente tecnico per l'attività scolastica dell' Associazione.

L'Associazione nazionale per il Mezzogiorno d'Italia nei suoi primi 50 anni di vita, Roma 1960;
G. Isnardi, La Scuola, la Calabria e il Mezzogiorno, scritti 1920-1965, a cura di Margherita Isnardi, Bari-Roma, Laterza, 1985 ("Collezione di studi meridionali");
Francesco Giuseppe Graceffa, Società cultura e scuola nella Calabria di Giuseppe Isnardi, in «Archivio storico per la Calabria e la Lucania», a. LXXI (1998), pp. 81-108 (consultabile qui).