La prima sede dell'Associazione nazionale per il Mezzogiorno d'Italia fu a Roma in via Depretis 74 A, presso l'abitazione del senatore Leopoldo Franchetti, primo presidente dell'Associazione e ivi rimase anche dopo la morte del senatore avvenuta nel dicembre 1917. Dopo un periodo di transizione, in cui le riunioni del Consiglio avvenivano nelle abitazioni dei consiglieri, il 1 marzo del 1921 la sede fu trasferita, e con essa il materiale documentario, a palazzo Taverna, in via Montegiordano. Un ulteriore trasferimento avvenne il 15 aprile 1923 all'interno dello stesso palazzo. Il primo trasferimento ebbe ripercussioni notevoli sulla documentazione dei primissimi anni di attività dell'Animi. Molti fascicoli risalenti a questo periodo appaiono disordinati, sono stati rimaneggiati ed è stato necessario a volte, come nel caso delle Sedute del Consiglio direttivo, procedere alla loro ricostruzione. Lacunosa e disordinata è la documentazione di alcune attività dell'Associazione svolte soprattutto nei primi anni, come l'istituzione delle piccole biblioteche circolanti e l'organizzazione di conferenze presso circoli ricreativi e culturali. Sul piano archivistico la conseguenza più importante della morte di L. Franchetti e dello spostamento dell'archivio fu la riorganizzazione pratica degli uffici e della struttura dell'archivio corrente.
Nei primissimi anni le attività dell'Animi erano organizzate all'interno di due uffici: l'Ufficio economico, affidato a Giuseppe Mami, che gestiva le attività di promozione economica, e l'Ufficio cultura al quale si dedicarono Giovanni Malvezzi e Umberto Zanotti Bianco. Entrambi gli uffici rispondevano direttamente a Leopoldo Franchetti, come dimostra la poca corrispondenza rimasta nei fascicoli originali. L'Ufficio economico come tale fu chiuso già nel 1915 mentre si trova documentazione intestata all'Ufficio Cultura fino al 1920. Lo spostamento delle carte e la riorganizzazione dell'Associazione dopo la morte del presidente Franchetti, ebbero come conseguenza lo smembramento dei fascicoli che solo in parte si è riuscito a ricostruire, e l'inserimento dei documenti in pratiche diverse. Probabilmente le lacune sono dovute anche alla immediatezza dell'azione degli operatori dell'Animi in quei primi anni. Essi producevano solo la documentazione strettamente necessaria, soprattutto relazioni e contabilità.
L'Associazione aprì vari uffici regionali nel corso della sua attività. Il primo fu a Villa San Giovanni nel 1910, trasferito a Reggio Calabria nel 1911. Alcuni uffici ebbero vita breve ma intensa, come quello di Taranto, aperto tra il 1911 e il 1912 e chiuso nel 1922, altri, invece, come quello di Palermo, restarono aperti solo per la durata della delega per l'Opera contro l'analfabetismo. L'ufficio di Reggio Calabria restò in funzione fino al 1972 gestendo la graduale dismissione delle attività di assistenza sanitaria, di promozione economica e scolastica, avvenuta dopo la morte di Umberto Zanotti Bianco. La documentazione prodotta da questo ufficio è stata conservata separatamente dal resto dell'archivio Animi. Essa fu trasportata, a Roma nella sede centrale dell'Associazione dopo la chiusura dell'Ufficio. Per questo l'archivio storico dell'Animi è articolato in due Uffici, Roma e Reggio Calabria ognuno dei quali ha proprie serie e sottoserie. La documentazione prodotta dagli altri uffici regionali è invece stata inserita in parte nelle pratiche della sede centrale e in parte è andata perduta.
Dopo i cambiamenti dovuti alla ristrutturazione della Associazione in seguito alla morte di Leopoldo Franchetti, non ci furono grossi cambiamenti per l'archivio della Associazione fino agli anni cinquanta quando si procedette a un riordino della serie Pratiche e corrispondenze. In tale occasione la documentazione considerata di archivio corrente fu fisicamente separata da quella storica. In questa nuova sezione che chiameremo B, sono confluiti documenti precedenti, a volte interi fascicoli, tolti dall'archivio storico e posti nelle nuove pratiche per necessità d'ufficio. Troviamo, ad esempio, documentazione della gestione di opere assistenziali ed educative dell'Animi dei primi anni di attività (1910-1930), inserita nelle pratiche relative alla loro chiusura avvenuta dal 1965 al 1978 e in alcuni casi negli anni Novanta. Le attività dell'Animi negli anni Cinquanta andavano modificandosi, adattandosi alle diverse esigenze del secondo dopoguerra e quindi le sottoserie in cui la sezione B è articolata non sono esattamente la prosecuzione delle sottoserie della sezione A. Anche i cambiamenti del personale influirono sulla struttura dell'archivio. Infatti, in assenza di un qualsiasi titolario scritto, l'archiviazione degli atti era compiuta in base alla memoria storica e a criteri soggettivi. Ciò diede luogo in alcuni casi ad una archiviazione parallela di fascicoli (es. il fascicolo "Corrispondenza del direttore del Convitto Scuola di Pizzo", un anno veniva archiviato sotto le istituzioni divise per luogo "Pizzo" e un altro nella sottoserie "scuole" nelle scatole in cui era contenuta la documentazione dell'archivio storico) . Negli anni settanta fu effettuato un intervento destinato a riordinare l'archivio storico per poterlo utilizzare al meglio nella attività editoriale dell'Animi. In questa occasione le lettere di alcune tra le personalità più rappresentative che entrarono in contatto con l'Associazione vennero separate dai fascicoli originali, e archiviate tra la corrispondenza dei consiglieri, soci e presidenti della Sezione A. Interventi simili sono stati effettuati anche successivamente sulle carte dell'Ufficio di Reggio Calabria, come sul fondo personale di Umberto Zanotti Bianco, producendo fascicoli non originali e rendendo difficile, a volte impossibile, reintegrare o anche solo capire precisamente il fascicolo di provenienza dei documenti.

Campi di azione documentati
Istruzione e assistenza:
istituzione di asili infantili, scuole, corsi di educazione degli adulti, iniziative per la prevenzione, ricerca e assistenza sanitaria; assistenza ai profughi, opere di solidarietà in condizioni di straordinaria necessità (calamità naturali, guerre).
Promozione economica:
sostegno a cooperative di pescatori, agricoltori, all'artigianato femminile, al commercio, assistenza agli emigranti, attività per la formazione professionale.
Promozione culturale:
istituzione di circoli culturali locali e di biblioteche; attività editoriale, azione della Società Magna Grecia in campo archeologico, organizzazione di convegni e sostegno alla ricerca storica.
Tali attività sono documentate attraverso pratiche e corrispondenze, fotografie, progetti tecnici, manifesti, verbali, corrispondenza contabile, registri contabili, registri riassuntivi delle scuole gestite per l'Opera contro l'analfabetismo.

Archivio personale di Umberto Zanotti Bianco, archivio personale di Manlio Rossi Doria, archivio personale di Giuseppe Isnardi, carte di Giustino Fortunato, carte di Leopoldo Franchetti, carte di Gaetano Cammarota, carte di Elsa Dallolio, tutti fondi archivistici conservati a Roma presso l'Associazione nazionale per gli Interessi del Mezzogiorno d'Italia; archivio Lombardo Radice, Facoltà di Magistero, Roma; Archivio Tommaso Gallarati Scotti, Biblioteca Ambrosiana, Milano; Archivio Gaetano Salvemini, Firenze