Il fondo si compone di due tronconi. Un primo nucleo originario, l'archivio Rossi-Doria in senso stretto e un secondo, frutto dell'opera di Rossi-Doria, coadiuvata da allievi, amici e familiari, di ricomposizione della carte provenienti da altri archivi pubblici e privati con cui aveva stretto un rapporto di collaborazione. Il lavoro di composizione dell'archivio va ricondotto a due motivazioni, tra loro interconnesse, l'obbiettivo di giungere ad un saggio autobiografico, lavoro interrotto dalla morte e la promozione e direzione scientifica di studi di storia dell'agricoltura affidato all'opera di economisti, sociologi e storici. L'opera di ricomposizione archivistica è proseguita anche dopo la di lui scomparsa. In particolare a questa fase risale il versamento del consistente nucleo di carte facenti parte dell'Archivio personale del prof. Rossi-Doria proveniente dall'Archivio della Facoltà di Agraria di Napoli-Portici e passato alla famiglia sul finire degli anni Ottanta. Tali carte recano in testa una classificazione e una soggettazione che si riferisce all'istituzione produttrice dell'incartamento in oggetto.
All'atto dell'acquisizione da parte dell'ANIMI il Fondo si presentava in una situazione di assoluto disordine, tale da non consentire di poter individuare un criterio di ordinamento originario a cui poter adeguare la sistemazione definitiva. In particolare i problemi preliminari incontrati erano di due generi: la sovrapposizione dei due nuclei originari e più in generale l'assenza di un criterio originario visibile dalle carte.
A tale difficoltà iniziale si deve aggiungere il fatto che il versamento delle carte sia avvenuto in tempi diversi, senza che fosse stato compilato a priori un elenco della documentazione che potesse orientare il lavoro di sistemazione delle carte e ordinamento archivistico in senso stretto. In effetti l'acquisizione del Fondo è avvenuta in tempi diversi. Un primo versamento risale al giugno del 1996 come emerge da inventario redatto da Marina Montacutelli che ne ha curato la consegna, seguendo l'ordine in cui le carte sono state trovate nei contenitori conservati dalla moglie, Anne Rossi-Doria.
Nel quinquennio successivo sono stati realizzati due successivi versamenti. Il primo dei quali risale all'estate-autunno del 1999 e raccoglie il materiale proveniente dalla abitazione romana di via della Chiesa Nuova e di Montechiaro (Vico Equense). Un terzo e ultimo versamento risale all'estate del 2001, raccoglie documenti provenienti dall'abitazione romana e si compone di due nuclei distinti: una serie archivistica relativamente ordinata e classificata come "Corrispondenza", e un'abbondante massa cartacea di argomento vario e in stato di completo disordine (tra il materiale versato figurano gli scritti giovanili e larga parte dei quaderni e diari).
In via preliminare è stato necessario un lavoro filologico al fine di definire la struttura dell'archivio e procedere alla creazione di singole serie e sottoserie, opera che si è potuta completare soltanto dopo l'ultimo versamento. Successivamente si è proceduto alla creazione delle unità archivistiche e alla loro sistemazione all'interno delle Serie, che ha comportato tempi lunghi per lo stato in cui versava l'archivio e ha costretto all'impiego di repertori, bibliografie e fonti d'archivio.
Se l'Archivio in senso stretto si chiude con la morte del soggetto produttore, la sua consistenza si è arricchita nel corso del decennio successivo in seguito alle donazioni postume provenienti da soggetti privati e istituzioni pubbliche e private.

In assenza di un criterio di ordinamento a cui potersi attenere e tenuto conto della complessità della storia del fondo si è dato alle carte un ordinamento di tipo cronologico in base all'anno di produzione, cercando, al contempo, di far emergere il sistema di inventariazione originario di tipo tematico o in base all'oggetto. Ciò ha comportato, in taluni casi, laddove possibile, la sovrapposizione all'ordinamento cronologico, che resta comunque il modello dominante, di un criterio di tipo tematico o per argomento. E' quanto emerge con particolare evidenza nelle sezioni relative ai "Rapporti con istituzioni, partiti e movimenti".
Nel merito le unità archivistiche all'interno delle Serie sono state posizionate seguendo un criterio di tipo cronologico, tenuto conto delle principali attività condotte da Rossi-Doria nella sua biografia. Tale criterio cronologico non è applicato in modo omogeneo e uniforme, bensì più generalmente risulta temperato dall'impiego di un ordinamento tematico storico-originario. In particolare laddove sono stati rintracciati nuclei relativamente omogenei di documentazione in quanto ad argomento od oggetto o comunque riflettenti un ordinamento originario, è stato deciso di salvaguardarne la originaria unità a discapito del prevalente criterio cronologico. Fa eccezione la serie creata ex novo "Manoscritti, dattiloscritti e pubblicazioni".