Eugenio Duprè Theseider nacque a Rieti il 22 marzo 1898, da Francesco e da Fanny Rettig.
Frequentata la facoltà di medicina, di Roma per due anni, sergente nella sanità militare dal luglio 1917 al gennaio 1919, prima all'ospedale militare di Milano poi dal marzo 1918 al fronte, al termine della guerra cambiò indirizzo di studi, iscrivendosi alla facoltà di lettere, prima a Roma dove ebbe come maestri Pietro Fedele ed Ernesto Buonaiuti, poi a Bologna, dopo il trasferimento, per cause economiche, della famiglia presso uno zio materno esportatore di canapa in Germania. Qui si laureò con Carlo Errera il 22 dicembre 1922, presentando una tesi storico-geografica sul lago Velino (edita a Rieti nel 1939). Ma già nel 1919 aveva pubblicato a Rieti il suo primo saggio, L'abbazia di San Pastore presso Rieti, dove gli interessi storico-geografici si univano felicemente a una attenta analisi delle testimonianze archeologiche, epigrafiche, documentarie e monumentali. Assistente volontario di geografia nell'anno accademico 1923-24, maturò interessi di storia dell'arte, come dimostra l'incarico nello stesso anno come professore di storia dell'arte presso il liceo "Galvani" di Bologna, e nell'anno successivo il passaggio, sempre come assistente volontario, alla cattedra di storia dell'arte tenuta da Igino Benvenuto Supino, che gli affidò il rifacimento del Manuale di storia dell'arte italiana (Firenze 1925-1930).
Questa sua prima formazione influì molto sui futuri interessi dello storico, spiegando l'attenzione precoce e costante per l’iconografia: dal saggio del 1921 su Come pregava s. Domenteo (in Il settimo centenario di s. Domenico, Roma 1921, II, pp. 386-392) alla proposta di un repertorio iconografico cateriniano del 1927 (Per l'iconografia di s. Caterina, in «Studi cateriniani», IV [1927], pp. 100-105), alla cura della Bibliografia iconografica italiana, del 1932 (in «Bulletin du Comité international de sciences historiques», XVI (1932), pp. 522-535). Non meno precoce l'interesse storico-erudito per le testimonianze generalmente oggetto di indagine delle così dette scienze ausiliarie della storia, come provano il saggio Appunti di numismatica medievale. Il ripostiglio di Cermignano, in «Atti e memorie dell'Istituto italiano di numismatica», IV (1921), pp. 105-137, e le ricerche giovanili sugli stemmi (Lo stemma di Rieti. Studio araldico-storico, in «Terra sabina», I (1923), pp. 185-891 II [1924], pp. 1 ss.), riprese nel maturo saggio Sugli stemmi delle città comunali italiane, in La storia del diritto nel quadro delle scienze storiche, Firenze 1966, pp. 311-348.
Ordinario di materie letterarie nei regi istituti tecnici inferiori, insegnò a Bologna dal 1924 al 1928 (nel 1934 avrà un trasferimento solo burocratico a Venezia presso l'istituto "Paolo Sarpi", poi subito a Roma presso il "Leonardo da Vinci", dove insegnò brevemente). Nel 1928 ottenne su proposta di Pietro Fedele, ministro della pubblica istruzione, un comando triennale, poi rinnovato (1° ottobre 1928-16 settembre 1934), alla Scuola storica nazionale presso l'Istituto storico italiano. Qui ricevette dallo stesso Fedele l'incarico dell'edizione critica dell'epistolario di s. Caterina da Siena, disponibile nella vecchia edizione del Tommaseo, di cui il Dupè doveva dimostrare carenze e stravolgimenti linguistici e letterari. L'entusiasmo e le difficoltà sono testimoniati dai resoconti fatti dal Duprè al Fedele sull'impostazione, i criteri, gli sviluppi del lavoro critico-filologico.
L'interesse per il tema, maturato già da tempo - anche per l'influenza del domenicano Innocenzo Taurisano, legato al Duprè da un'amicizia iniziata già prima del 1919 - come prova il saggio su La cronologia delle lettere politiche di s. Caterina e la critica moderna, in «Studi cateriniani», I (1924), pp. 113-136, proseguì per tutta la vita dello studioso, che poté avvalersi di riconoscimenti scientifici e di aiuti economici, come la borsa Volta concessa nel 1937 dalla Reale Accademia d'Italia. Produsse così numerosi lavori relativi ai problemi della tradizione manoscritta (in particolare Il problema critico delle lettere di s. Caterina da Siena, «Bullettino dell'Istituto storico italiano per il Medio Evo», 49 (1933), pp. 117-278, in part. pp. 229-239) e vari saggi "cateriniani" (tra cui: Sulla composizione del "Dialogo" di s. Caterina da Siena, «Giornale storico della letteratura italiana», CXVII (1941), pp. 161-202; Il mondo cittadino nelle pagine di s. Caterina, «Bullettino senese di storia patria», LXX (1963), pp. 44-61), oltre a ricerche su temi collaterali, "germogliate dal terreno dell'impresa cateriniana" (Fasoli), ma dotate poi di una loro autonoma forza espansiva: si pensi a I papi di Avignone e la questione romana (Firenze 1939).
Il Duprè avviò lo studio sistematico della tradizione manoscritta delle lettere cateriniane, conservateci in raccolte dovute ai segretari della santa (tre le "famiglie" principali, quelle di Stefano di Corrado Maconi, Tommaso di Antonio Nacci detto il Caffarini, Neri di Landoccio Pagliaresi), operanti in quella che il Duprè ipotizzò come una sorta di piccola cancelleria, dove si conservavano copie o minute delle lettere dettate dalla santa, poi spedite. Fortunata, come egli diceva, e decisiva la scoperta del codice 3514 della Osterreichische Nationalbibliothek di Vienna, manoscritto autografo del Pagliaresi, archetipo dunque di una delle raccolte. Le ricerche più propriamente filologiche si accompagnarono sempre alla riflessione di natura storica e culturale in un costante e ravvicinato confronto storiografico con la produzione contemporanea. In modo tutto particolare con quella dello studioso francese Robert Fawtier, cui riconobbe insieme all'acutezza filologica e interpretativa il positivo superamento di posizioni di "infeconda apologetica", senza condividerne tuttavia atteggiamenti e toni considerati eccessivamente dissacratori, certo in contrasto con il suo rispetto - e il suo profondo coinvolgimento - per i valori religiosi impersonati da Caterina (La duplice esperienza di Caterina da Siena, «Rivista storica italiana», LXII (1950), pp. 533-574). L'immenso lavoro svolto prima e dopo la pubblicazione del primo volume delle lettere non arrivò a conclusione, cosi come non prese corpo il progetto accarezzato e poi abbandonato di una monografia complessiva. Scriveva tuttavia la biografia per il Dizionario biografico degli Italiani (XXII, Roma 1979, pp. 361-379), nella quale una puntuale e preziosa messa a punto di tutti i problemi cateriniani accompagna la ricostruzione storico-cronologica e politico-culturale, raggiungendo un felice equilibrio interpretativo.
Dopo il comando presso la Scuola storica nazionale - durante il quale, probabilmente dal 1930 fino al 1935, ricopri anche un incarico, forse di segretario aggiunto, presso la R. Accademia dei Lincei - fu nuovamente comandato presso la Giunta centrale (prima Comitato nazionale) per gli studi storici dal 1935 al 1942, data dei passaggio ai ruoli universitari per vincita del concorso a cattedra.
Dai verbali (non completi) della giunta risulta tra i "segretari aggiunti" (delibera del 5 aprile 1935; nell'archivio molte minute di lettere e annotazioni in margine di suo pugno; inoltre suoi appunti "per la storia dell'ex-Comitato" di scienze storiche), attivo organizzatore dei congressi internazionali di scienze storiche (dalla documentazione consultata risulta in particolare di quelli del 1936 e 1940), delegato aggiunto in sostituzione di Ottorino Bertolini per la commissione delle pubblicazioni, cronologia, annuario, al congresso internazionale di scienze storiche di Zurigo nel 1938, ideatore di un progetto di convegno di studi medievali da organizzare in occasione dell'Esposizione universale di Roma 1942, autore della Bibliografia iconografica italiana già ricordata, segretario dell'ufficio italiano di redazione dell'«Annuario internazionale di bibliografia storica». Gli venne inoltre affidata la redazione (collaboratori Emilio Re e L. Olivieri Sangiacomo) della Bibliografia storica nazionale, della cui impostazione fu il principale ideatore, curando i primi tre volumi, relativi agli anni 1939-1941, ma usciti rispettivamente nel 1942, 1945, 1947, anno in cui fu sostituito da Raffaello Morghen, segretario generale della Giunta. Dal 1936 al 1942 curò la sezione medioevale e moderna della rubrica Spoglio di periodici della Rivista storica italiana, pubblicata dal 1935 a cura della Giunta centrale sotto la direzione di Gioacchino Volpe. 
Conseguita la libera docenza in storia medioevale e moderna (decreto del 3 maggio 1934), svolse corsi liberi pareggiati presso la facoltà di lettere dell'università di Roma (1937-38: "I papi di Avignone e la loro politica italiana"; 1939-40: "Gli Stati italiani e la loro politica nella prima metà del Quattrocento"; 1940-41: "Le legazioni di Niccolò Machiavelli"), e dal 1° dicembre 1941 per due anni accademici ricoprì la "cattedra onoraria" di storia d'Italia presso l'università di Lubiana (corso biennale su "La città italiana nel Medioevo", un corso annuale su l'"Importanza storica di s. Caterina da Siena", corso annuale su "Lineamenti della storia moderna d'Italia", seminario su "Le città della Dalmazia e i loro rapporti con le città adriatiche": dal "Prospetto delle attività svolte nel triennio 1942-45", redatto dal D. in vista dell'ordinariato). Trovandosi a Lubiana al momento della vincita del concorso per la cattedra di storia medioevale e moderna e della conseguente chiamata presso la facoltà di magistero dell'università di Messina, venne esonerato dal ministero (ministro G. Bottai) dall'obbligo dell'insegnamento presso quella università "per attendere a speciali studi" presso l'università slovena, e dunque per proseguirvi nelle sue attività didattiche, particolarmente apprezzate in quanto svolte nella lingua del paese. La scelta e poi la conferma per il delicato incarico sono testimonianza della posizione politico-culturale assunta dallo storico.
Dupré - iscritto al Partito nazionale fascista dal 29 ottobre 1932 (anche se da un attestato del 1942 l'iscrizione viene datata al 1925); del 1932 anche la sua nomina a cavaliere dell'Ordine della Corona d'Italia - svolse il suo percorso scientifico e la sua carriera accademica nel contesto dell'intellettualità variamente legata al fascismo: di particolare importanza il rapporto con Fedele e Volpe, che, oltre ad accordargli stima e appoggio, esercitarono una profonda influenza sulla sua formazione. Per comprendere la quale non andrà trascurata la contemporanea presenza a Roma, presso la stessa Scuola storica, di altri giovani storici, quali Raffaello Morghen e Ottorino Bertolini, e presso la Scuola di storia moderna di Federico Chabod, Walter Maturi, Carlo Morandi (Ernesto Sestan ricorda la collaborazione dei D. al progetto, fallito, di associazione tra gli istituti storici italiani e stranieri a Roma).
Nell'anno accademico 1943-44, non potendo recarsi in Sicilia a seguito dello sbarco americano, ottenne un incarico di storia moderna presso l'università di Roma (10 dicembre 1943-28 ottobre 1944), senza tuttavia insegnare. Già nella primavera del 1944 si recava con la famiglia al Nord, "aggregandosi" brevemente presso l'università di Padova e ottenendo dal novembre 1944 presso l'università di Milano un "corso parallelo" di storia moderna, valido come corso ufficiale.
Nel 1945-46 riprendeva il regolare iter accademico, durante il quale è possibile cogliere una sorta di dignitoso riserbo politico. L'intensa attività didattica risulta costantemente legata ai principali filoni delle sue ricerche, molte delle quali affidate proprio a dispense universitarie, redatte sempre con la massima chiarezza e la massima cura, tanto da diventare testi di riferimento storiografico, nei casi, peraltro frequenti, in cui non furono oggetto di successiva rielaborazione.
A Messina svolse il corso di storia su Alcuni aspetti della questione del Vespro, (dispense edite in «Annuario dell'Università di Messina» 1946-47, ma 1954), e insieme una supplenza di filologia romanza ("L'Italia del Duecento nella poesia trobadorica"). Ma già dal 1° novembre 1947 venne chiamato a ricoprire la cattedra di storia medioevale e moderna (storia medioevale a partire dal 1956-57) presso la facoltà di lettere dell'università di Bologna, dove avrà anche dal 1947 in poi l'incarico di letteratura cristiana antica. Nel 1958 assunse la direzione dell'Istituto di storia e di paleografia e diplomatica.
Al problema della città medioevale dedicò soprattutto numerosi corsi universitari (da ricordare in particolare le dispense relative agli anni 1956-57: Aspetti della città medioevale italiana; 1957-58: La città medioevale in Europa; 1964-65, a Roma: La città di pietra), ricchi di riflessioni teoriche e metodologiche (problemi di definizione, distinzione tra concetti legati alla dimensione urbanistica - la "città di pietra" -, a quella sociale, a quella politico-istituzionale) e di una attenzione costante alla storiografia recente e meno recente (Weber, Dopsch, Pirenne tra i maggiori), non senza una interessante e non comune attenzione agli aspetti sociologici del problema: riflessioni sinteticamente, ma efficacemente riprese nell'intervento al congresso della Società degli storici. Da non dimenticare nel contesto di questo filone di ricerca il saggio innovativo Loreto e la città-santuario (in «Studia Picena», XXIX [1959], pp. 93-105): riconoscimento di questa sua "specializzazione" la nomina a membro del Comitato internazionale per la storia urbana.
Per quanto attiene all'eresia, oltre all'affinità dovuta alla confessione religiosa, certamente determinante l'influenza di Gioacchino Volpe. Le puntuali discussioni storiografiche di cui sono intessuti i suoi corsi permettono di cogliere una posizione equilibrata, lontana da ogni univocità interpretativa, sia essa economico-sociale o filosofica o spirituale (si vedano ad esempio: Introduzione alle eresie medievali, Bologna 1953; L'eresia a Bologna ai' tempi di Dante, in Studi storici in onore di G. Volpe, I, Firenze 1958, pp. 383-444).
A Bologna proseguì anche gli studi relativi alla storia delle grandi istituzioni medioevali, Papato e Impero, e ai loro rapporti (al tema erano già stati dedicati i due saggi del 1942), con la pubblicazione già ricordata del volume XI della Storia di Roma cui si può anche collegare la lunga impresa, conclusa nel 1957, della traduzione per la casa editrice Sansoni dell'Età di Costantino il Grande di J. Burckhardt, preceduta da una impegnativa Introduzione (edita anche separatamente: Il giovane Burckhardt e "l'età di Costantino", in Convivium, n. s., II [1958], pp. 174-190). Da ricordare ancora le ricerche legate alla storia politica e culturale italiana nel basso Medioevo e nella prima età moderna, spesso connessa con convegni internazionali (Niccolò Machiavelli diplomatico, I, L'arte della diplomazia nel Quattrocento, Como 1945; Enea Silvio Piccolomini umanista, Bologna 1955; L'intervento di Ferdinando il Cattolico nella guerra di Pisa, in V Congreso de historia de la Corona de Aragón, III, Zaragoza 1954, pp. 21-41; La politica italiana di Alfonso il Magnanimo, in VI Congreso de Historta de la Corona de Aragón, Palma de Mallorca 1955, pp. 1-33; La politica italiana d'Alfonso d'Aragona, Bologna 1957; I papi medicei e la loro politica domestica, in Studi fiorentini, Firenze 1963); infine quelli legati alle esigenze di un insegnamento diacronico, dunque anche moderno-contemporaneistico, di storia americana (Le origini coloniali degli Stati Uniti d'America, corsi 1947-48 e 1953-54, Bologna 1954), argomento su cui tuttavia aveva già lavorato per la voce Stati Unitid'America per il Dizionario di Politica, IV, Roma 1940, pp. 364-381 (testimonianza degli interessi modernistici anche numerose recensioni a G. M. Trevelyan, N. Rodolico, L. Salvatorelli, ecc.).
Se costanti furono in questi anni i contatti internazionali, attestati dagli inviti per convegni e conferenze (Spagna, Belgio, Austria, Germania, Ungheria; nel 1955 riceveva la commenda dell'Ordine civile di Alfonso X il Saggio) e dalle collaborazioni - tra le quali merita particolare menzione la preziosa rassegna Literaturberichte über italienische Geschichte des Mittelalters. Veröffentlichungen 1945 bis 1958, in Historische Zeitschrift, suppl. 1 (1962), pp. 613-725 -, profondo fu anche l'inserimento nella vita culturale di Bologna, con la partecipazione alle attività di molte sue istituzioni: Accademia delle scienze; Deputazione di storia patria, di cui doveva più tardi (nel 1965) divenire vicepresidente; Comitato per la storia del Risorgimento, per il quale promuoveva in qualità di commissario straordinario la catalogazione delle Carte Minghetti.
Nell'anno accademico 1962-63 fu trasferito presso l'università di Roma, cattedra di storia (poi storia medioevale) della facoltà di magistero, dove gli venne affidata anche la direzione dell'Istituto di scienze storiche (dal 1964 al 10 novembre 1968, data della sua collocazione fuori ruolo), nonché l'incarico di scienze ausiliarie della storia presso la Scuola speciale per archivisti e bibliotecari (anni accademici 1966-67 e 1967-68), che corrispondeva a interessi lungamente coltivati e a una convinzione profonda della loro importanza, ribadita ancora nel 1970 (La storiografia italiana, pp. 475 s.).
Consigliere della Deputazione di storia patria, benemerito della scuola, dell'arte e della cultura (diploma conferitogli il 16 aprile 1973), diveniva anche commendatore al merito della Repubblica (decreto del 27 dicembre 1973).
Morì a Le Foci (Portoferraio, prov. Livorno) il 21 settembre 1975.
 

Le carte sono il frutto del lavoro svolto da Dupré principalmente negli anni 1928-1965 circa, materiale quindi relativo all’edizione delle lettere di Santa Caterina da Siena del 1940 e ai successivi volumi previsti, mai editi.
L’intero complesso documentario è stato recentemente riordinato e schedato analiticamente. I documenti sono stati suddivisi in serie, tra queste la prima è quella relativa alla Corrispondenza con lettere e cartoline postali perlopiù ricevute da Dupré tra il 1935 e il 1955, e inviate da diversi studiosi (Roberto Cessi, Marie Hyacinthe Laurent, Arrigo Levasti, Ettore Li Gotti, Francesco Paolo Luiso, Guido Mazzoni, Adolfo Morini, Giaime Pintor, Giulio Prunai e Sergio Mochi Onory).
La seconda serie, quella più consistente, copre un arco cronologico che va dal 1936 al 1966, ed è relativa alle Trascrizioni. I singoli fascicoli contengono le trascrizioni delle lettere di Caterina da Siena; i testi sono nella maggior parte dei casi manoscritti, ma sono presenti anche dattiloscritti e in qualche caso pagine a stampa con correzioni, per un totale di 232 trascrizioni; tra queste molte lettere che non risultano inserite nell’edizione del 1940. Le camicie dei sottofascicoli che contengono singole trascrizioni, riportano appunti di lavoro e informazioni sullo stato di lavorazione e revisione dei testi.
Nel fondo Dupré sono conservati anche 8 microfilms e 41 fotografie in bianco e nero: si tratta di positivi alla gelatina su carta che riproducono pagine di codici contenenti lettere di Caterina da Siena, conservati in diverse biblioteche italiane e straniere o presso chiese e conventi. Per ciascuna fotografia, ove possibile, si è scelto di indicare nella schedatura il codice riprodotto nell’immagine, la relativa carta, e il luogo di conservazione del codice.
La terza e la quarta serie inserite nell’inventario sono state denominate Materiale di lavoro e Materiale di lavoro di altri studiosi. Il Materiale di lavoro è costituito per la maggior parte da appunti di lavoro di Dupré: block notes, quaderni e fogli sciolti relativi a materiale d’archivio consultato e riferimenti bibliografici utilizzati per l’edizione delle lettere, materiale per la collazione di lettere non recepite nell’edizione del 1940, un lemmario delle lettere pubblicate, avvertenze per l’edizione e un elenco alfabetico degli incipit delle lettere secondo l’edizione tommasea. Sono presenti inoltre alcune tavole di raffronto tra l’edizione Tommaseo, quella di Girolamo Gigli e quella di Eugenio Dupré.
Ulteriori annotazioni manoscritte riguardano i contenuti, la datazione e l’ordinamento cronologico delle lettere. Parte del materiale è stata utilizzata per la stesura dei saggi pubblicati nel 1932 e nel 1933 sul Bullettino dell’Istituto storico italiano e Archivio muratoriano.
È presente inoltre un dattiloscritto con correzioni di una lezione tenuta da Dupré su Caterina da Siena e il testo dattiloscritto con appunti di lavoro per la stesura della voce Caterina da Siena, preparata da Duprè per il Dizionario biografico degli italiani.
Per quanto riguarda il Materiali di lavoro di altri studiosi, esso è costituito da un saggio dattiloscritto inedito di padre Alvaro Grion relativo all’uso delle fonti in Caterina da Siena e dal materiale di studio sulle lettere cateriniane di Matilde Fiorilli, che aveva curato nel 1910 l’edizione del Dialogo della divina Provvidenza, poi ripubblicato nel 1928 nella collana Scrittori d’Italia di Laterza.
Gran parte delle ricerche preliminari all’edizione delle lettere fu pubblicata dalla Fiorilli in un saggio intitolato L’epistolario di santa Caterina da Siena, apparso in «Miscellanea Dominicana» nel 1923.