L'organizzazione finanziaria e contabile dell'ospedale è, in origine, molto semplice. Le prime norme statutarie non prevedono il pagamento di una retta da parte dei ricoverati e le entrate sono pertanto costituite solo da rendite e da elemosine. La gestione contabile della confraternita e dell'ospedale è affidata a un camerlengo, membro della congregazione e da essa eletto, coadiuvato da un computista, che non è membro della congregazione ma viene ugualmente eletto da quella. Gli statuti del 1563 dedicano ampio spazio alla definizione e regolamentazione dei compiti del camerlengo (cfr. Stat. 1563, §§ 18-21): resta in carica un anno e al termine del suo mandato viene sottoposto alla sindacazione; ha funzioni di depositario e di capo-contabile e svolge attività direttive nei confronti del computista e del maestro di casa. Infatti: scrive e annota nel suo libro tutte le entrate provenienti dalle elemosine e dalle cassette nonchè le spese sostenute per il mantenimento della congregazione e dell'ospedale; riceve dal segretario un inventario delle cose appartenenti alla compagnia: in parte le custodisce presso di sè e in parte le consegna al maestro di casa, che ne redige ulteriore inventario, "per servitio della casa". Uno dei guardiani scrittura un libro di riscontro per permettere il controllo dei conti del camerlengo.
Il dettato statutario viene pienamente rispettato almeno fino ai primi anni del '600: si conservano in tutto undici registri del camerlengo, dal 1561 fino al 1604 e quattro riscontri del guardiano, dal 1562 al 1616. Si può presumere che il ruolo del camerlengo abbia poi progressivamente perso di spessore, come del resto tutta la compagnia originaria. Nelle regole barberiniane del 1635 il camerlengo non compare più e le sue funzioni sono ereditate dal maestro di casa che, in qualità di "ufficiale interno" è il suo successore naturale (cfr. oltre).