Nessuna norma particolare regola la gestione del contenzioso dell'ospedale fino all'emanazione delle disposizioni di Gregorio XVI del 1° aprile 1623: nelle "Iurisdictiones et facultates Scipionis Cardinalis Burghesii, aliorum pro tempore Card. Protectorum Hospitalis Dementium de Urbe" il pontefice stabilisce che qualsiasi tipo di lite, causa e controversia, civile o criminale, sorta tra chiunque abbia a che fare con l'ospedale (amministratori e ricoverati) e chiunque altro debba essere affidata al cardinale protettore fornito dei pieni poteri giudicanti. Anche le regole barberiniane del 1635 ribadiscono che "l'hospitale ha il suo giudice particolare che si suol deputare dal signor cardinale protettore pro tempore quale conosce tutte le cause attive e passive dell'ospitale e suoi officiali" (cfr. Reg. 1635, "Del Giudice"). Le stesse regole, nel determinare funzioni e ruoli dei "gentiluomini" membri della Congregazione, stabiliscono che fra loro "vi doverà essere parimenti un Avvocato primario della Corte per aver la cura e sopraintendenza particolare delle liti e difendere le ragioni dell'ospitale" Ibid., cap.II). L'ospedale perse poi ogni prerogativa con l'annessione al Santo Spirito.
I documenti raccolti in questa serie sono stati rinvenuti in disordine. Nel corso del riordinamento si sono individuate 9 diverse cause sostenute dall'ospedale tra il XVI e il XVIII secolo. Particolarmente consistente è la causa intercorsa tra il Santa Maria della Pietà e gli eredi del cardinale Francesco Nerli. La documentazione, comprensiva anche degli atti precedenti il testamento del cardinale (stilato nell'ultima versione nel 1708) e acquisiti nel corso della lunga vertenza, è stata ordinata in 10 diversi sottofascicoli, relativi agli antefatti (s.fascc. 1-5) e ai diversi contendenti dell'ospedale (s.fascc. 6-10). Per altra documentazione relativa ai beni del cardinale Nerli, oggetto di amministrazione separata da parte dell'ospedale, cfr. nn. 70.1 - 70.10.