A partire dalla prima metà del Seicento inizia la registrazione relativa alla riscossione delle rette ("alimenti"): il primo registro conservato risale al 1646. Nelle regole del 1635 viene stabilito infatti che i ricoverati in grado di provvedervi paghino una retta periodica, da stabilirsi volta per volta:
"Quelli che si riceveranno nell'Ospitale dovranno, quando habbiano commodità, pagare gli alimenti nella quantità che si aggiusterà col Mensario o Congregazione, secondo la qualità delle persone e casi, et a quest'effetto chi vorrà introdurli dovrà avvisare il maestro di casa e detto mensario, qual farà la carità di visitarlo prima, e vedere se è per il luogo, et aggiusterà la quantità de gli alimenti, quali si doveranno pagare per il primo mese anticipatamente avanti che sia ricevuto.... Per li poveri si farà al meglio che si può" (cfr. Reg. 1635, "Regole da osservarsi in generale").
Si stabilisce altresì che la scritturazione degli alimenti venga affidata al computista, il quale è alle dirette dipendenze del maestro di casa cui spetta la responsabilità della documentazione: "Detto maestro di casa ricevendo nell'Ospitale infermi... che pagano gli alimenti, ne debbia dar subito nota al computista con il nome dell'infermo, della sigurtà, dove habiti, della quantità dÈ gli alimenti che si promette pagare, acciò si possa notare la partita sul libro..." (Ibid., cap.III). Si delinea inoltre la figura dell'esattore, destinato nel corso dei secoli ad assumere un ruolo di rilievo sempre maggiore nella vita economica dell'ospedale:
"Per esigere ogni mese l'elemosine ordinarie che vengono fatte alla casa da N.S. e da altri benefattori, e gli alimenti che ogni mese si tirano dà pazzi e pazze che pagano, e le pigioni delle case e frutti dÈ luoghi dÈ monti, si dovrà haver un esattore fedele, e diligente quale habbia questa cura, e paghi i denari al depositario, e ne dia conto al computista, et ogni mese debba dare il libro dell'esattione al computista acciò lo spogli, e dia credito a ciascuno di quello pagano, acciò ogni mese si possa vedere chi resta indietro. Debba di più tener un libro e notare in esso li spigionamenti, per accommodare il libro mastro. In oltre locandosi le case debba similmente darne nota al computista, acciò possa metter al libro mastro li nuovi debitori. E detto esattore dovrà dar sigurtà per sicurezza della Congregatione e per sua mercede, e per ricognitione haverà quello che detta Congregatione resterà d'accordo seco, secondo la qualità della persona" (Ibid., cap. XIV Del Esattore).
La serie degli alimenti è piuttosto lacunosa: per tutto il Seicento si conservano solo due libri mastri in forma di rubrica relativi agli anni 1646-1667 (nn. 48-49); per il Settecento si conservano in tutto 4 registri: il primo è relativo al periodo 1705-1708 (cfr. reg. n. 42, già utilizzato per la registrazione delle spese del maestro di casa degli anni 1600-1607); gli altri tre (nn. 50-52) sono invece relativi al periodo 1781-1810.
Si avverte che nella datazione delle singole unità della serie si sono omessi il mese e il giorno perchè ogni registro è aperto a gennaio e chiuso a dicembre degli anni indicati.