La serie, molto lacunosa, comprende i registri sui quali il segretario-notaio riportava gli atti rogati per l'ospedale. La tenuta dei registri degli Istrumenti è regolata dagli statuti del 1563 ("habbia [il segretario] anchora un'altro libro over protocollo, nel quale solamente debbia scrivere quelle cose delle quali se ne sarà rogato, de contratti che ne occorreranno stipularsi nelli negotij tra la Compagnia et altri... et in fine del suo offitio debbia restituire in mano della Compagnia tutte le cose che s'aparteneranno a quella et tutti li contratti et instrumenti publici, et obligationi..." cfr. Stat. 1563, §17 "Del secretario") e ribadita nelle regole barberiniane del 1635 ("che sia obligato detto Notaro dare ogni anno tutti gli instrumenti pubblici in un libro di tutti gli oblighi che si pigliano in favore dell'ospitale, per custodirli nell'archivio", cfr. Reg. 1635, cap. XII "Del Notaro"): alle prime disposizioni corrisponde il registro n. 12 (1584-1600) e alle seconde il registro n. 13 (1692-1726). Al periodo di gestione del commendatore di S. Spirito appartiene invece il registro n. 14 (1779-1788), che chiude la serie.