La serie dei verbali delle congregazioni comprende complessivamente cinque registri. I primi tre abbracciano gli anni dal 1569 al 1617 (con lacune) e si riferiscono al periodo della amministrazione autonoma dell'ospedale da parte della Confraternita di Santa Maria della Pietà. La tenuta di tali registri è regolata dagli statuti del 1563 ove si dispone che il segretario della Compagnia "debba essere presente alle Congregationi generali et particolari et notare in un libro tutte le ordinationi et decreti di detta Compagnia" (cfr. § 17).
Non si conservano invece i registri relativi alle riunioni e ai decreti della Congregazione degli Otto gentiluomini, che amministrò l'ospedale secondo il dettato delle regole barberiniane del 1635, salvo che per gli ultimi anni d'autonomia dell'ospedale: sono conservati infatti soltanto i verbali delle riunioni tenute alla presenza degli ultimi primiceri della congregazione (mons. Silva, fino al 23 luglio 1722, e mons. Merlini, dal settembre del 1722 fino a dicembre 1725). Nel 1725, come è noto, furono disposti il trasferimento dell'ospedale da piazza Colonna a via della Lungara e il passaggio dell'istituto alle dipendenze del Commendatore di Santo Spirito: tale evento, nonostante la sua rilevanza istituzionale e materiale, non è però mai ricordato nei verbali, divenuti molto scarni. È comunque preservata per tutto il periodo in questione una qualche periodicità delle riunioni, tenute una volta al mese fino a tutto il 1723 e quattro volte l'anno, a cadenza regolare, nel 1724 e nel 1725.
Sono inoltre documentate alcune delle riunioni presiedute dal "Commendatore di S. Spirito e Governatore dell'ospedale dei pazzi": si vedano, in particolare, i congressi tenuti all'epoca di mons. Valegnani (1726-1728) e mons. De Carolis (1732-1738) e di mons. Bufalini (1749-1759): da notare comunque, insieme alle notevoli lacune della documentazione, la saltuarietà delle congregazioni, convocate circa una volta all'anno, e la scarsa rilevanza degli argomenti dibattuti, concernenti generalmente solo questioni strettamente amministrative.