Le cartelle cliniche - contenenti documentazione sia sanitaria sia amministrativa - sono la documentazione sanitaria più significativa e consistente; sono archiviate secondo la data di dimissione del paziente fino al 1997. Per gli anni 1998-1999 le cartelle sono disposte in ordine alfabetico per cognome del paziente. Il loro numero varia ogni anno, certamente a partire dall'entrata in vigore della legge Basaglia e della legge istitutiva del Servizio sanitario nazionale (rispettivamente 1978 e 1980) il numeo dei degenti, e di conseguenza quello delle cartelle, si è andato fortemente riducendo.