All'interno del complesso ospedaliero aveva un ruolo di rilievo il reparto di chirurgia; situato fin dall'origine nel padiglione III, svolgeva funzioni di chirurgia e medicina generale sia verso i ricoverati, sia verso i membri del personale che ne avessero avuto bisogno. Per il personale vi era l'obbligo di ricovero presso questo reparto e non presso strutture ospedaliere esterne.
Inoltre il Manicomio, dal 1927 al 1957, ebbe il compito di svolgere funzioni di pronto soccorso generale (cioè non nel solo campo psichiatrico) verso la popolazione civile; il servizio veniva svolto dal reparto di chirurgia, la cui documentazione riguarda anche il pronto soccorso agli esterni.