Le cartelle cliniche dei ricoverati rappresentano la documentazione sanitaria più significativa e consistente. Costituiscono un'unica serie, che si è ordinata e inventariata dall'origine fino al 1912. I fascicoli, tutti originari, sono ordinati per epoca e chiusura della pratica, vale a dire cronologicamente secondo la data di uscita o morte del paziente.
Il numero progressivo individua esclusivamente le raccolte annuali delle cartelle.
La quantità delle cartelle conservate per ciascun anno è variabile e, a partire dal 1874, in progressivo aumento: il numero delle buste relativo a ciascun anno (ogni busta conserva in media circa 400 cartelle cliniche) passa ad esempio da tre a cinque tra il 1885 e il 1892, sale a dodici nel 1898, a sedici nel 1903 e ad oltre venti dopo il 1906.
Per una descrizione più accurata della serie vedi il file allegato.

Ferma restando la continuità documentaria delle cartelle è opportuno, per agevolare l'accesso alla documentazione e chiarirne caratteristiche e mutamenti, distinguere tre diversi periodi:
1. 1851-1873 (dall'origine fino all'entrata in vigore del primo sistema di classificazione dell'archivio amministrativo dell'ospedale): la documentazione, come specificato meglio sopra, è sia di natura sanitaria sia di natura amministrativa.
2. 1874-1893 (dall'introduzione del titolario di classificazione degli atti amministrativi fino ai primi tempi dell'amministrazione provinciale): la documentazione relativa ai ricoverati è articolata in due serie distinte: le pratiche amministrative sono inventariate tra gli atti della Segreteria, mentre le cartelle cliniche qui descritte conservano soltanto documentazione sanitaria.
3. 1894-1912 (dall'amministrazione provinciale all'apertura della sede di Sant'Onofrio): i fascicoli tornano a essere di carattere misto, conservando documentazione amministrativa e sanitaria.