La gestione dell'archivio è organizzata secondo un sistema di classificazione - simile a quelli utilizzati negli anni precedenti dalla Segreteria - che prevede i seguenti titoli:
Titolo I: Affari generali;
Titolo II: Personale;
Titolo III; Fondi urbani e rustici (lavori e affitti);
Titolo IV: Servizio religioso e sanitario;
Titolo V: Contabilità, spese di amministrazione e tasse diverse;
Titolo VI: Forniture e acquisti;
Titolo VII: Prodotti e industrie;
Titolo VIII: Servizio di esattoria e tesoreria;
Titolo IX: Dementi;
Titolo X: Canoni censi e livelli.
Ciò che differisce però sostanzialmente dai criteri di archiviazione utilizzati negli anni 1894-1906 (Sezione C, Serie II. Atti e corrispondenza della Segreteria, Sottoserie 3. Anni 1894-1906) è il sistema di numerazione dei fascicoli, che mantengono invariata la posizione a essi attribuita all'atto dell'apertura. Le carte erano organizzate secondo tre partizioni, 1907-1912, 1913-1918, 1919-1924 (cfr. Sezione E, Serie V. Protocollo della corrispondenza e mezzi di corredo, Sottoserie 2. Indici del protocollo, regg. 138-143), in cui la numerazione dei fascicoli ripartiva da 1.
La documentazione riguarda, in via principale, il personale e i ricoverati. Tra i fascicoli rinvenuti infatti solo qualche pratica risulta riservata ad affari più strettamente amministrativi e contabili.
I fascicoli del titolo V - "Contabilità, spese di amministrazione e tasse diverse" - sono relativi quasi esclusivamente ai trasferimenti dei malati, attività connessa alla gestione delle rette; conservano solo elenchi di malati trasferiti, con indicazione delle date di trasferimento e le strutture di destinazione.
A eccezione del fascicolo n. 107 manca quasi del tutto la documentazione relativa agli opifici dell'Ospedale. Diversi sono i fascicoli concernenti la trasmissione dei dati statistici mensili al prefetto, rilevati in ottemperanza agli adempimenti previsti dai regolamenti attuativi della legge del 1904.