Durante la direzione del Bonfigli l'archivio del direttore fu organizzato secondo uno specifico titolario articolato in 16 titoli. Si sono conservati soltanto i fascicoli dell'anno 1900 - assai poveri di documentazione - inventariati di seguito secondo il loro ordine originario. Si segnala comunque l'opportunità di effettuare le ricerche relative agli oggetti indicati dai 16 titoli anche nell'ambito del carteggio della Segreteria.
Si sono inseriti nell'ambito del carteggio Bonfigli anche due opuscoli relativi alla Lega nazionale per la protezione dei fanciulli deficienti (fasc. 23), di cui il Bonfigli fu presidente, e una relazione dattiloscritta (fasc. 24), firmata dallo stesso Bonfigli, relativa alle ammissioni e dimissioni degli alienati in base alla legge 36/1904.
Coperte vuote: VIII. Biblioteca Pio IX; IX. Depositi dei ricoverati; XI. Dementi esteri; XII. Trasporto dei cadaveri; XIII. Inchieste; XIV. Perizie; XV. Servizio delle porterie; XVI. Miscellanea.