Oltre ai registri di protocollo l'archivio conserva, a corredo della documentazione afferente alla Segreteria, gli indici del protocollo e alcuni prontuari denominati a loro volta "Indici delle posizioni d'archivio". Soprattutto questi ultimi registri hanno consentito l'individuazione dei titolari adottati a partire dal 1874 per la tenuta degli atti di segreteria: sulla base di tali sistemi di classificazione si è potuto infatti procedere al riordinamento delle carte, rinvenute in situazione di massimo disordine, nel rispetto dell'ordine originario. I mezzi di corredo descritti possono costituire uno strumento di ricerca dei fascicoli, soprattutto per le serie relative al personale e ai ricoverati, per i quali venivano aperti ogni anno centinaia di fascicoli nominativi.