Il fondo contiene fotografie e inventari di reperti, trascrizioni fonetiche di iscrizioni cuneiformi, bozze di testi, appunti, fotocopie di saggi scientifici, dispense didattiche, relazioni, corrispondenza con editori, istituzioni accademiche e culturali.
Nella serie Corrispondenza professionale si conservano lettere e documenti scambiati per lo più con enti e istituzioni relative ai vari aspetti della sua attività professionale.
La serie relativa all'Attività professionale e scientifica è suddivisa in fascicoli legati a specifici incarichi didattici, di ricerca e divulgazione, o materiale inedito, relativo a specifici interessi di ricerca e approfondimento. Per la serie Campagne di scavo sono stati individuati e organizzati le foto e gli inventari di reperti, utilizzati da Pettinato e dai suoi collaboratori e suddivisi, quando desunte, in base alle varie località. Per quanto riguarda l'Epigrafia è stata considerata, come appartenente a questa serie, tutta la documentazione relativa a trascrizioni fonetiche dei reperti studiati da Pettinato.
In Materiali di studio e documentazione è confluita tutta la parte di documentazione edita e fotocopiata, che testimonia gli specifici interessi e i filoni ricerca portati avanti nel corso della sua carriera.