L’avvio all’attività missionaria di Giacomo Weitzecker in Africa meridionale avvenne grazie a François Coillard, missionario francese (di confessione protestante, ma non valdese) ed esploratore che, verso la metà del 1800, perlustrava le chiese europee in cerca di collaboratori che gli subentrassero nella direzione della missione da lui impiantata a Leribe, nel Basutoland, e gli consentissero di lasciarla, avendo egli il progetto di fondarne altre più a nord, lungo e oltre lo Zambesi.
Fu così che Coillard rivolse la richiesta al Sinodo Valdese (settembre 1882), ma nessuno dei presenti si fece avanti. Qualche mese dopo Weitzecker si propose al Coillard: così il 9 novembre 1883  il pastore insieme alla moglie Luisa si imbarcarono in Inghilterra, divenendo i primi missionari valdesi italiani in Africa.
Nel 1887, intraprese per conto della SGI un viaggio a Kimberley in compagnia del pastore e missionario valdese Luigi Jalla (anch’egli scelto da Coillard per la missione evangelica nello Zambesi) allo scopo di documentare le condizioni di vita e di lavoro di un gruppo di emigrati italiani impiegati nelle miniere di diamanti, missione su cui scrisse sei relazioni pubblicate nel Bollettino SGI con il titolo complessivo Alla ricerca degli Italiani dell’Africa Australe, e per la quale ricevette dalla Società Geografica una medaglia d’argento.
Rientrato nella stazione di Leribe, dopo aver scritto la Relazione sul viaggio fatto a Kimberley poi inviata a Dalla Vedova, Weitzecker si impegnò in una nuova avventura, una «personale “missione” di rilievo diplomatico» attraverso i suoi “viaggi di convalescenza” tra Basutoland ed Orange, perché afflitto da un morbo sia fisico che psicologico, dovuto agli strascichi di una malattia polmonare accusata già nella primavera del 1888 e dalla lontananza da Torre Pellice, suo paese d’origine. Da queste esperienze nacque la relazione sul Natal, pubblicata a puntate nel Bollettino SGI: l’ultima che il pastore valdese scrisse per quella terra, in quanto, dopo una missione durata circa dieci anni, i coniugi Weitzecker tornarono in patria.